معصوم سوم
امام علی(ع)
علی بن ابی‌طالب (۱۳ رجب سال سی‌ام عامالفیل – ۲۱ رمضان سال ۴۰ ه.ق)، امام اول تمامی شاخه های مذهب شیعه - که آنها از وی با عنوان امام علی یاد می‌کنند - و خلیفهٔ چهارم از خلفای راشدین اهل سنت، پسرعمو و داماد محمد پیامبر اسلام است. وی همسر فاطمه و پدر حسن، حسین و زینب است. محمد پس از مهاجرت ازمکه به مدینه و ایجاد عقد اخوت بین مسلمانان، او را به عنوان برادر خویش انتخاب نمود.
مسئلهٔ حق وی در خلافت پس از محمد، منجر به شکاف اصلی میان مسلمانان و تقسیم آنان به دو گروه شیعه و سنی شد. محمد در بازگشت از حجةالوداع عبارت «هر که من ولی او هستم، این علی ولی او است.» را به زبان آورد؛ اما مقصود این عبارت مورد اختلاف شیعه و سنی قرار گرفت. شیعیان بر این اساس معتقد به نصب امامت و خلافت در خصوص علی شدند و اهل سنت آن را به معنای دوستی و محبت علی تفسیر می‌کنند.
پس از مرگ محمد و در ماجرای انتخاب جانشین او، جمعی از انصار در سقیفهٔ بنی‌ساعده گرد هم آمدند و بعد از مشورت با یکدیگر سرانجام تصمیم بر خلافت ابوبکر گرفتند. علی بن ابی‌طالب در ابتدا از بیعت با ابوبکر سرباز زد؛ ولی سرانجام پس از شش ماه با ابوبکر بیعت کرد.
علی در دوران خلافت سه خلیفهٔ اول در جنگها شرکت نمی‌کردو جز در انتخاب خلیفهٔ سوم فعالیت سیاسی نداشت. البته هر گاه خلفای سه‌گانه می‌خواستند، در امور دینی، قضایی و سیاسی به آنها مشورت می‌داد.
پس از کشته شدن عثمان، او به عنوان چهارمین خلیفهٔ مسلمانان برگزیده شد. دوران خلافت وی با جنگهای داخلی میان مسلمانان و شورش ایرانیان هم زمان بود. او سرانجام در مسجد کوفه به ضرب شمشیر یکی از خوارج به نام ابن ملجم مرادی کشته شد.
منابع برای تاریخ‌نگاری زندگی علی
دربارهٔ زندگانی علی، گزارش‌های فراوانی در متون تاریخی آمده‌است؛ چنانکه مورخان اسلامی پس از محمد، بیشترین حجم مطلب را به زندگی او اختصاص داده‌اند. از این جهت که شخصیت علی برای مسلمانان (اعم از شیعه و سنی) دارای اهمیت مذهبی، سیاسی، فقهی و روحانی است، زندگی او به طرق مختلف تحلیل و تفسیر شده و اسناد تاریخی موجود نیز تحت تاثیر ملاحظات فرقه‌ای قرار گرفته‌است. بسیاری از منابع اولیهٔ اسلامی تا حدی نسبت به علی رنگ تعصب - در برخی موارد مثبت و در برخی موارد منفی - به خود گرفته‌است.
بخشی از منابع برای تاریخ‌نگاری زندگی علی مشابه منابع برای تاریخ‌نگاری زندگی محمد مانند قرآن، سیره ابن هشام، مغازی واقدی و تاریخ طبری است.
دانشمندان غربی پیشین، غالباً به روایات و گزارش‌های گرد آمده در دوره‌های بعد از اسلام متمایل بودند که شیعه و سنی با توجه به مواضع مذهبی‌شان بیشتر به روایت آنها علاقه داشته‌اند. برخی محققان بر این باورند که این روایات، ساختگی هستند. این دیدگاه سبب شده که بسیاری از روایات قطعی نیز به علت متواتر بودنشان در دوره‌های بعد از اسلام، جعلی تلقی شوند. لئون کائتانی گزارش‌های تاریخی منسوب به ابن‌عباس و عایشه را عمدتاً ساختگی می‌پندارد؛ در حالی که روایات بدون سند گزارش شده توسط تاریخ‌نویسان اولیه مانند ابن اسحاق را معتبر می‌داند. ویلفرد مادلونگ این دیدگاه را که تنها روایت شدن در «منابع اولیه» را ملاک درستی روایات بدانیم و بخش اعظمی از روایات را به بهانهٔ اینکه بعدها توسط شیعه و سنی نقل شده‌اند، جعلی تلقی کنیم، رد کرده‌است. به گفتهٔ وی، این دیدگاه کائتانی بی‌اساس است. مادلونگ و برخی از مورخان، روایات نقل شده در دوره‌های بعد را به خودی خود رد نمی‌کنند؛ بلکه ملاک آنها برای درستی این روایات، سازگار بودن آنها با دیگر حوادث روایت شده‌است.
هنگامی که کتابت بین مسلمانان رواج یافت، جزوه و مقالات متعددی بین سالهای ۷۵۰ و ۹۵۰ میلادی نوشته شد. به گفتهٔ رابینسون، حداقل ۲۱ گزارش مجزا دربارهٔ نبرد صفین تشکیل شده‌است. ابومخنف، یکی از نویسندگان مشهور این دوره بود که سعی کرد تمام روایات شفاهی را جمع‌آوری کند. مورخان قرن ۹ و ۱۰ میلادی روایات در دسترس را جمع‌آوری، انتخاب و مرتب کردند. با این حال، بسیاری از این کتابها و مقالات امروز در دست نیست؛ به جز مواردی که بعداً در آثاری مانند تاریخ الرسل و الملوک محمد بن جریر طبری مورد استفاده قرار گرفته‌اند.
نام‌ها و عناوین
نام‌ها و عناوین مختلفی در سنّت اسلامی به علی نسبت داده شده‌است که برخی از آنها بیانگر ویژگیهای شخصی او و برخی مشتق شده از قسمت‌های خاصی از زندگی او است. برخی از این عناوین عبارتند از ابوالحسن، ابوتراب، مرتضی، اسدالله («شیر خدا»)، حیدر («شیر») و به طور خاص در میان شیعه، امیرالمومنین و مولی المتقین. به عنوان مثال، لقب ابوتراب لحظه‌ای را به یاد می‌آورد که محمد وارد مسجدی شد و دید علی در آنجا که پر از خاک است، خوابیده‌است و محمد به وی گفت ای ابوتراب، برخیز. لارا وسیا وگلییری درباب لقب ابوتراب بر این باور است که احتمالا توسط دشمنان علی به وی داده شده و روایاتی ساختگی در سده‌های بعد به وجود آمده که به این لقب جلوهٔ افتخار آمیز داده شود. شیعیان دوازده‌امامی لقب امیرالمؤمنین را منحصر به علی می‌دانند باتوجه به حدیثی که از پیامبر اسلام نقل شده‌است.
تولد و دودمان
بر طبق منابع تاریخی قدیمی تر، علی در روز سیزدهم رجب و حدود سال ۶۰۰ میلادی در مکه متولد گردید. پدر وی ابوطالب و مادرش فاطمه بنت اسد است. منابع زیادی، خصوصا منابع شیعه نوشته‌اند که وی تنها کسی است که در خانه کعبه به دنیا آمد. علی از طرف پدر و مادر با محمد خویشاوند است. وقتی پدر محمد درگذشت، ابوطالب که عموی محمد بود، قیم وی گردید. وقتی که مادر محمد درگذشت، فاطمه بنت اسد نقش مادر را برایش داشت. روبرت گلیو می نویسد مسلمان بودن یا نبودن ابوطالب مورد بحث و مناقشه است و وی نمونه خوبی در بحث های دین شناسی پیرامون وضعیت افراد پرهیزگار درگذشته قبل از رسالت محمد است. فاطمه بنت اسد آشکارا اسلام آورد و مورد توجه محمد بود و گفته می شود اولین کسی است که ولایت علی را به رسمیت شناخت.
کودکی
زمانی که علی ۶ ساله بود، پدر او ابوطالب، رئیس بنی‌هاشم، دچار مشکل مالی گردید. محمد که خود در کودکی تحت سرپرستی ابوطالب قرار گرفته بود و در این زمان سنش از ۳۰ سال گذشته بود، برای سبک کردن بار عایلهٔ وی به او پیشنهاد کرد که سرپرستی علی را او بر عهده بگیرد. ابوطالب پذیرفت و علی از کودکی در خانه محمد و تحت نظر او قرار گرفت.
اسلام‌آوردن
حدیثی که پس از شجاعت و جنگ‌آوری علی در جنگ احد بهمحمد نسبت داده می‌شود، با این مضمون: «هیچ جوانمردی همچون علی و هیچ شمشیری همچون ذوالفقار نیست.»
هنگامی که محمد اعلام دریافت وحی الهی نمود، علی، که در آن زمان ۱۰ ساله بود، به او ایمان آورد و مسلمان شد.
طبری روایت‌های مختلفی که هر کدام علی، ابوبکر و زید پسر حارثه را اولین فرد مذکر اسلام‌آورنده معرفی می‌کنند را نقل می کند و تصمیم نهایی در مورد هویت اولین فرد را به خواننده واگذار می‌کند. بر طبق برخی منابع (ابن سعد، طبقات الکبری؛ طبری، تاریخ الرسل و الملوک)ابوبکر اولین مردی بود که مسلمان شد این در حالی است که همین ادعا برای علی و زید بن حارثه هم وجود دارد
طبق گفته مورخینی مانند ابن اسحاق و مورخانی چون ابن حزام و محققانی چون جان اسپوزیتو علی اولین مردی بود که اسلام آورد. دانشنامهٔ بریتانیکا و جان اسپوزیتو،علی را دومین فرد مسلمان بعد از خدیجه می‌دانند. وقتی علی اسلام آورد، ابوطالب گرچه از پرستش خدایان دست نکشید، اما تصمیم علی را پذیرفت و به وی گفت چون محمد تو را به راهی جز درست کاری هدایت نمی‌کند، از محمد پیروی کن و به وی نزدیک باش.
طبق گفته واسیا واگلیری علی جز اولین ایمان آورندگان بود چه نفر دوم (پس از خدیجه)، چه نفر سوم (پس از خدیجه و ابوبکر) که مورد جدال شیعه و سنی هست.
از اسلام آوردن تا قبل از هجرت
دعوت محمد به اسلام در مکه ۱۳ سال به طول انجامید که از این ۱۳ سال، ۳ سال به طور مخفیانه بوده‌است. در پایان این ۳ سال و در ابتدای دعوت علنی، محمد ۴۰ تن از خویشان و بستگان خود را به میهمانی دعوت کرد. در این میهمانی قسم یاد کرد که اگر خورشید را به دست راستش و ماه را به دست چپش بدهند از دعوت به اسلام دست بر نخواهد داشت. در پایان از خویشانش پرسید چه کسی حاضر است او را در این کار یاری کند و اگر یاری کند جانشین بعد از او خواهد بود اما هیچ یک از بستگانش پاسخ مثبت نداد مگر علی. پیامبر در پاسخ به علی سکوت کرد و برای بار دوم و سوم این درخواست را تکرار نمود که باز با سکوت خویشان و جواب مثبت علی مواجه شد. پس از بار سوم، پیامبر علی را جانشین و خلیفه خود خواند در حالی که در آن زمان، علی نوجوانی بیش نبود و این کار پیامبر باعث تمسخر او در میان خویشاوندانش و طعنه به ابی طالب پدر علی شد که در آن مجلس حضور داشت. بنابراین پیامبر جانشینی اش را مزد یاری کننده اش در استقرار اسلام قرار داد که این مزد در آغاز دعوت علنی به علی وعده داده شد. پیامبر وی را «برادر و وصی و جانشین خود» نامید.
در این دوران (۶۱۰ تا ۶۲۲ میلادی) که محمد نخستین وحی‌های خود را دریافت می‌کرد، علی به همراه زید بن حارثه پسر خوانده محمد، ابوبکر از بزرگان قبیله قریش و خدیجه از یاران وفادار محمد بودند. او کمک کرد که هسته اولین جامعه اسلامی شکل بگیرد. در این سالها، وی بیشتر وقت خود را صرف تامین مایحتاج مومنان در مکه به خصوص فقرایشان، با تقسیم دارایی خود میانشان و کمک در امور روزمره آنها می‌نمود.
مهاجرت به مدینه
منابع شیعی و سنی تصدیق می‌کنند که حوادث رخ داده در سال ۶۲۲ میلادی، مهمترین بخش از زندگی محمد را تشکیل می‌دهد. محمد که می‌دانست دشمنانش در حال کشیدن نقشه برای قتل وی بودند، از علی خواست که به جای وی در بسترش بخوابد. شبی که محمد از مکه به مدینه هجرت کرد، علی جان خود را به‌خطر انداخت و در بستر محمد خوابید؛محمد به همراه ابوبکر مخفیانه مکه را ترک کرد و چندین روز بعد به یثرب، که زین پس مدینه نامیده شد، رسید و این هجرت مبدا تقویم هجری گردید. وقتی دشمنان با خنجرهای کشیده وارد خانه محمد شدند، با دیدن علی بسیار شگفت زده شدند و به وی آسیبی نرساندند. بنابر تفسیر سید محمدحسین طباطبایی در المیزان، آیه ۲۰۷ سوره بقره به این امر اشاره دارد: «از مردم کسانی هستند که جان خود را در راه جلب رضایت خداوند تقدیم می‌دارند و خداوند به بندگان خود رئوف است.». علی در انتظار فرمان جدید، چند روز دیگر در کنار خانواده محمد ماند. محمد از علی خواست که اموالی را که قبلا مردم به وی به امانت داده بودند به صاحبانش باز گرداند و علی این کار را انجام داد. پس از انجام این کار، علی مکه را به مقصد مدینه ترک کرد. به دستور محمد، علی به قبا در حومه شهر مدینه آمد. بر طبق برخی منابع، علی یکی از اولین کسانی از مهاجرین بود که به مدینه آمد. در این زمان وی ۲۲ یا ۲۳ سال داشت.
ازدواج با فاطمه
مدت کمی پس از آمدن علی به مدینه، محمد به علی گفت که خداوند به وی فرمان داده‌است که دخترش فاطمه زهرا را به ازدواج وی درآورد. با اینکه چندهمسری مجاز بود، علی در زمان حیات فاطمه، با زن دیگری ازدواج نکرد. ازدواج علی با فاطمه، دارای اهمیت معنوی خاصی برای تمام مسلمانان است. زیرا به عنوان ازدواجی میان مهمترین شخصیتهای مقدس از خویشان محمد تلقی می‌گردد. محمد که تقریبا هر روز به دیدار دخترش می‌آمد، با این ازدواج به علی نزدیک تر گردید و یک بار به وی گفت که تو برادر من در این دنیا و آخرت هستی. پس از مرگ فاطمه، علی با زنان دیگری ازدواج نمود و صاحب فرزندان بسیار دیگری شد. خانواده‌ای که از ازدواج این دو تشکیل شد، مکرراً از سوی محمد مورد ستایش قرار می‌گرفت و محمد از آن در واقعه‌هایی مانند رویداد مباهله و حدیث آل عبا، به عنوان اهل بیت یاد کرد. در قرآن نیز در موارد متعددی مانند آیه تطهیر، از اهل بیت به بزرگی یاد شده‌است.
ماموریتهای مهم
علی در این دوران از سوی محمد، چندین ماموریت مهم را عهده دار شد. محمد وی را به عنوان یکی از کاتبان متن قرآن منصوب نمود. نقش علی در تدوین نسخهٔ مکتوب قرآن، یکی از مهمترین مشارکتهای وی در اسلام محسوب می‌گردد. پس از هجرت، محمد هنگامی که میان مهاجرین و انصار پیوند برادری می‌بست، علی را به‌عنوان برادر خودش برگزید. علی در سال ۹ هجری مصادف با ۶۳۱ میلادی نویسنده متن صلح حدیبیه بود. در سال۶۳۰ میلادی، سال قبل از فتح مکه، هنگامی که ابوبکر حج را رهبری می‌کرد، محمد سورهٔ «برائت از مشرکان (توبه)» را به وسیلهٔ علی به مکیان ابلاغ کرد. یک سال بعد از آن محمد، علی را برای گسترش تعالیم اسلام، به یمن فرستاد. علی کسی بود که برای شکستن بتهای درون کعبه و دیگر بت‌هایی که توسط قبیله‌های اوس و خزرج و طیء پرستیده می‌شد، انتخاب شد. همچنین علی ماموریت یافت تا کشمکشها را حل و فصل و شورشهای قبایل گوناگون را سرکوب کند.
در جنگها
علی، به جز یک جنگ تقریبا در تمام لشکرکشی‌های دوران محمد شرکت داشت. او معمولا علم دار سپاه محمد بود و در دو لشکرکشی (فدک در سال ششم هجری مصادف با ۶۲۸ میلادی و لشکرکشی یمان بسال ده هجرت و مصادف با ۶۳۲ میلادی) فرمانده سپاه اسلام بود. شجاعت علی در سفرهای نظامی مبدل به افسانه گردیده‌است. وی به همراه حمزه، ابودجانه و به خاطر حملاتش به دشمن شناخته می‌گردد. گفته می‌شود که در جنگ بدر وی به تنهایی بیش از یک‌سوم افراد دشمن را کشت. در سال ۵ هجری/۶۲۷ میلادی، او به دست خود، دشمنانی را که از سوی محمد به مرگ محکوم شده‌بودند، اعدام کرد و به همراه زبیر، بر کشتار قبیله بنی‌قریظه نظارت نمود. او به طور محکم و قاطع در جنگهای احد مصادف با ۶۲۵ میلادی و حنین مصادف با ۶۳۰ میلادی از محمد محافظت کرد. پیروزی مسلمانان در جنگ خیبر، که در آن علی در سنگین آهنی ای را به عنوان سپر خود به کار برد، به شجاعت وی نسبت داده می‌گردد. بر طبق روایتی، جبرئیل در خصوص رزم علی و شمشیر ذوالفقار که علی از محمد گرفته بود، اشاره کرد و به محمد گفت "جوانمردی جز علی و شمشیری جز ذوالفقار وجود ندارد." علی با جنگ‌جوی بزرگ قریش، طلحه بن ابی‌طلحه که رجز می‌خواند که هر مسلمانی را که به مصافش بیاید را شکست می‌دهد، جنگید. وقتی که طلحه بن ابی‌طلحه، از علی شکست خورد، با بیان جمله «کرم الله وجهه» از وی تقاضای رحمت کرد. این دعای خیر، یکی از القاب علی گردید که بیشتر توسط اهل سنت به کار برده می‌شود. این عبارت که معمولا با کلمات دیگری همراه می‌گردد، به منظور درود فرستادن و دعای خیر کاربرد دارد.
در یکی از نبردهای تن‌به‌تن وی که با عمرو بن عبدود٬ یکی از پهلوانان بزرگ عرب در جنگ احزاب بود٬ علی با حیلتی بر او پیروز شد.
فتح مکه
در سال ۶۳۰ میلادی مردم مکه تسلیم شدند و مکه توسط محمد فتح شد. وی از علی خواست تا ضمانت کند که این پیروزی بدون خون ریزی خواهد بود. در نتیجه تسلیم اهالی مکه و منع محمد از مسلمانان فاتح از انتقام گیری از مکیان، این عمل صورت پذیرفت. محمد به وی دستور داد تا کعبه را بتهای دوران جاهلیت پاک سازی کند.
غدیر خم
هنگامی که محمد از آخرین حج خود در سال ۶۳۲ میلادی باز می‌گشت. خطابه‌ای در مورد علی ایراد نمود که توسط شیعه و سنی بسیار متفاوت تفسیر شده‌است. مطابق با روایت هر دو گروه محمد گفت که علی وارثش و برادرش و کسی است که هر کس پیامبر را به عنوان مولایش (رهبر یا دوست قابل اعتماد) بپذیرد (کلمه مولا مرتبط است با ولایت (با کسر واو) یا وَلایت (با فتح واو) که حکومت، شروع مبادرت، غلبه معنوی و قدرت معنی می‌دهد) باید او را نیز به عنوان مولایش بپذیرد. شیعیان این بیان را به معنی تعیین علی به جانشینی پیامبر و اولین امام می‌دانند. اهل سنت در مقابل تنها اظهار نزدیکی پیامبر به علی می‌دانند و اظهار خواسته‌اش که علی به عنوان پسر عمو و فرزندخوانده‌اش جانشین او در مسئولیتهای خانوادگی‌اش پس از مرگ شود.
بگفته دکاکه در دانشنامه ایرانیکا٬ اولین منبع تاریخی که به غدیر خم اشاره می کند یعقوبی مورخ شیعه در نیمه دوم قرن سوم هجری است و اولین آثار ادبی قابل تاریخ گذاری بجا مانده، مجموعه اشعاری از نویسندگان شیعه در قرن دوم هجری است. نکته قابل توجه این است که در میان دلایلی که علی در کتاب نهج البلاغه برای برحقی [جانشینی اش] ذکر می‌کند٬ اشاره‌ای به غدیر خم نیست. اما چنین به نظر می‌رسد که از حدود قرن دوم هجری حدیث غدیر خم بعنوان یکی از دلیلهای مهم برای اثبات برحقی علی بر جانشینی محمد بوده است.
بنا بر پژوهش دکاکه، حدیث غدیرخم در برخی منابع شیعه و برخی منابع سنی آمده اما نقل یا عدم نقل آن بر مبنای دسته بندی مذهبی نبوده است. طبق بررسی وی این حدیث از سده نخست در میان مسلمانان مطرح بوده، اما در زمان سه حلیفه نخست در اختلافات مذهبی و یا سیاسی میان هواداران و مخالفان علی به آن چندان استناد نمی شده است. در زمان جنگ های میان مسلمانان در دوران خلافت علی، این حدیث دارای اهمیت مذهبی بخصوص در رابطه با موضوع ولایت شد و حامیان علی در تثبیت مشروعیت وی به آن استناد کردند. به گفته مادلونگ در همین دوران علی در کوفه با استناد به این واقعه بر برتری جایگاه خود بر خلفای پیشین تأکید کرد. این حدیث در برخی منابع تاریخی اهل سنت نظیر سیره ابن هشام، تاریخ طبری و طبقات ابن سعد نیامده است، اما در انساب الاشراف بلاذری ذکر شده است. و بیشترین نقل این روایت به مسند احمد بن حنبل مربوط می شود. از مورخان و محدثان متأخر اهل سنت، ابن عساکر و ابن کثیر حدیث را نقل کرده اند. از منابع شیعه دوره امویان، هاشمیات کمیت بن زید اسدی و کتاب سلیم بن قیس هلالی حدیث را آورده اند. حال آنکه در منابع حدیثی شیعه که از قرن سوم به بعد گردآوری شده اند نظیر اصول کافی چندان به آن پرداخته نشده است و صرفا برای تثبیت نظریه شیعی نصب امام توسط نص آن را ذکر کرده اند. همچنین غدیرخم در منابع تاریخی مایل به شیعه در سده های نخست چندان به آن پرداخته نشده است. مسعودی در مروج الذهب اصلا آن را ذکر نکرده و یعقوبی فقط گزارش مختصری از آن آورده است. بنابر تحلیل دکاکه این واقعه بیشتر در منابع تاریخی که مربوط به دوره امویان می شود و یا بر منابع این دوره اتکا دارد آورده شده است و در دوره عباسیان از توجه به آن کاسته شده است.
پس از مرگ محمد تا خلافت
جانشینی محمد
پس از مرگ محمد، در حالی که علی، عباس و دو پسرش فضل و قثم و دو برده آزاد شده پیامبر، زید و شغران، به همراه طلحه و زبیر و جمعی از صحابه محمد، مشغول خاکسپاری محمد بودند ، گروهی ازصحابه محمد در محلی به نام سقیفه بنی ساعده جمع شدند و دربارهٔ جانشین محمد به بحث و جدل پرداختند. نتیجه این بحث و جدلها، انتخاب ابوبکر به عنوان جانشین محمد شد. انصار در سقیفه بنی ساعده از سعد بن عباده حمایت می‌کردند، اما مهاجران این را نپذیرفته و خود را از لحاظ خویشاوندی نزدیکتر به محمد می‌دانستند. در میان مهاجران عده‌ای نیز به سرکردگی علی و شامل زبیر، طلحه، عباس بن عبدالمطلب، مقداد، سلمان فارسی، ابوذر غفاری و عمار بن یاسر، علی را وارث مشروع محمد می‌دانستند. دانشنامه ایرانیکا معتقد است تاریخ نگاران مسلمان اتفاق نظر دارند که بحران موجود در این برهه، توسط سه تن از مهاجران مشهور به نام ابوبکر و عمر و ابوعبیده جراح برطرف گردید. آنها انصار را جمع کرده و به آنها ابوبکر را تحمیل کردند. حسادت بین دو قبیله مهم انصار به نام اوس و خزرج و عدم فعالیت بنی هاشم در تبلیغ نظرشان، موفقیت این سه تن را تسهیل نمود.
این انتخاب باعث اختلاف بین هواداران ابوبکر و طرفداران علی گردید. طرفداران علی قائل بودند که علی توسط شخص محمد به جانشینی انتخاب گردیده‌است و بنابراین مقام خلافت باید از آن وی باشد. علاوه بر آن طبری در تاریخ خود نقل کرده‌است که گروهی از مخالفان ابوبکر از جمله زبیر در خانه فاطمه گرد آمدند و عمر با تهدید به آتش زدن خانه آنها را بیرون کشاند. علی بعدا مکرر می‌گفت که اگر چهل یاور داشت قیام می‌کرد.
هنگامی که این افراد که از اولین مخالفان ابوبکر بودند بتدریج ابوبکر را به رسمیت شناختند، علی تا شش ماه از بیعت با ابوبکر سرباز زد. دانشنامه بریتانیکا می‌نویسد علی پس از اتمام مراسم تدفین محمد، در یک عمل انجام شده قرار گرفت ولی اعتراضی نکرد. دانشنامه ایرانیکا می‌نویسد که علی و بنی هاشم تا قبل از مرگ فاطمه (حدود شش ماه) از بیعت با ابوبکر سرباز زدند. علی بر روی حقش پافشاری ننمود، چرا که تمایل نداشت که امت نوپای اسلام دچار کشمکش گردد.
به گفته مادلونگ، علی به خاطر خویشاوندی نزدیک و ارتباط صمیمی با محمد، به خاطر دانش فراوان از اسلام از ابتدا و شایستگی در به خدمت گرفتن احکام آن، به شدت شخصاً معتقد بود که بهترین شخص برای جانشینی محمد است. خط مشی‌هایی که توسط ابوبکر و عمر پایه‌ریزی شده بود، از دیدگاه علی بی‌مورد تلقی می‌شد. او به ابوبکر گفته بود که علت تاخیر در بیعت وفاداریش به ابوبکر به عنوان خلیفه مسلمانان، اعتقاد به ارجحیت تعلق این عنوان به خودش بوده‌است. او این عقیده را هنگامی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت می‌کرد نیز ترک نکرد؛ او که معتقد بود که جانشین به حق محمد است، هنگامی که مطمئن شد که همه از او روی گردانیده‌اند، برای حفظ وحدت اسلام با ابوبکر بیعت نمود. اگر جامعه مسلمانان یا بخش کوچکی از آنان، به او اقبال پیدا می‌کردند، وی دیگر خلافت را تنها «حق» خود نمی‌دانست، بلکه آن را «وظیفه» خود قلمداد می‌کرد. هرچند عباس عموی محمد، و آنچنان که گفته می‌شود ابوسفیان، از علی خواستند تا جامعه اسلامی را در کنترل خاندان بنی هاشم بگیرد، او هیچ تلاشی در این زمینه نکرد. اما بنا بر نقل منابع تاریخی علی بعدا در نامه به معاویه می‌نگارد علت رد این پیشنهاد بیم پراکندگی امت بوده‌است.
در مورد جانشینی علی، مورخان و دانشوران تاریخ اسلام عموما یا دیدگاه اهل سنت را پذیرفته‌اند و یا اینکه حقیقت موضوع را غیر قابل کشف دانسته و از آن رد شده‌اند. یکی از مورخینی که از این سنت رایج جدا شده‌است ویلفرد مادلونگ می‌باشد. ویلفرد مادلونگ در دانشنامه اسلام اصلی ترین ادعاهای شیعه را دیدگاه خود شخص علی می‌داند زیرا به عقیده او علی خود را شایسته ترین فرد برای خلافت در مقایسه با دیگر صحابه می‌دانست و کل جامعه مسلمانان را بدلیل روی گرداندن از خودش ملامت می‌کرد، اما در عین حال رفتار ابوبکر و عمر در مسند خلافت را می‌ستود و تخریب شخصیت آنها را نکوهش می‌کرد. مادلونگ معتقد است که از آنجایی که در رسوم اعراب آن زمان، خصوصا رسوم قریش، جانشینی موروثی معمول بوده و قرآن بر اهمیت پیوند خونی میان پیامبران و خصوصا اهل بیت تاکید ورزیده‌است و اینکه انصار از خلیفه شدن علی حمایت می‌کردند، ابوبکر می‌دانست که تشکیل یک شورا برای انتخاب خلیفه به انتخاب علی می‌انجامد و به همین دلیل به شکل حساب شده‌ای جریان‌های سیاسی را برای خلیفه شدن خودش هدایت کرد. از طرف دیگر لارا وسیا وگلییری در دانشنامه اسلام اینکه علی واقعا امید داشت تا جانشین پیامبر شود را مورد تردید می‌داند زیرا اعراب بعنوان قاعده رئیس خود را از میان ریش سفیدان انتخاب می‌کردند و علی در آن زمان تنها کمی بیش از سی سال سن داشت و اعتبار لازم برای جانشینی محمد را طبق سنن اعراب نداشت. وگلییری معتقد است که شیعه بوسیله ساختن احادیث یا تفسیر مطابق اعتقادات خود برای بعضی کلماتی که گفته می‌شود توسط محمد بکار رفته‌است به این موضوع اصرار دارند که پیامبر قصد داشته‌است تا علی را بعنوان جانشین خود انتخاب کند در حالی که جای شک نیست که در هنگام واپسین بیماری، محمد سخنی در مورد جانشین خود بیان ننموده‌است.
دوران خلافت ابوبکر
علی در این دوران زندگی منزویانه‌ای در پیش گرفت و عمدتا به فعالیتهای مذهبی مشغول بود. او خود را وقف مطالعه و آموزش قرآن کرد. اولین قرآن جمع آوری شده از لحاظ تاریخی، به وی نسبت داده می‌شود. دانش وی از قرآن و سنت به کمک خلفای پیشینش در مسائل شرعی می‌آمد.او به ابوبکر و عمر در امور مربوط به دولت نیز مشاوره می‌داد. علی در جنگهای رده و فتوحات مسلمانان شرکت نکرد. کارهای انجام شده توسط علی بعد از خلافتش، نشانگر این است که وی با سیاستهای خلفای پیشینش موافق نبود. عدم موافقت وی با سیاستهای خلفای پیشین را می‌توان از جوابش به عبدالرحمن بن عوف در شورای انتخاب خلیفه مبنی بر پذیرش قرآن و سنت و سیاستهای ابوبکر و عمر حدس زد.
دوران خلافت عمر
دانشنامه بریتانیکا می‌نویسد علی خلافت عمر را پذیرفت و حتی دخترش ام کلثوم را به ازدواج وی درآورد.
پس از مرگ فاطمه، علی در زمان خلافت عمر نیز، میراث پدری فاطمه را مطالبه کرد؛ اما پاسخ عمر همان پاسخ ابوبکر بود. البته عمر حاضر شد برخی از املاک مدینه که جزو ارث فاطمه محسوب می‌شد، به پسران عباس بن عبدالمطلب که نمایندهٔ بنی هاشم بودند، بازگرداند. ولی املاک فدک و خیبر کماکان به عنوان املاک دولتی باقی ماند و به بنی هاشم عودت داده نشد.
به نوشته نویسندگان اسلامیعلی از مشاوران عمر بود. مشاوره های علی بیشتر در مورد امور شرعی و بخاطر احاطه علی بر قرآن و سنت بوده‌است. هرچند جای تردید است عمر توصیه‌های سیاسی علی را می‌پذیرفت یا نه. در طول زمامداری عمر و عثمان، علی هیچ سمت رسمی اداری، نظامی یا سیاسی‌ای را قبول نکرد؛ به جز سمت نیابت شهر مدینه در زمانی که عمر به سفر فلسطین و سوریه رفته بود، در دوران خلافت عمر و عثمان او در هیچ یک از جنگهای این دو خلیفه حضور نداشته‌است.
ویلفرد مادلونگ می‌نویسد، علی نمی‌توانسته که بر مبنای قرابت خویشاوندی با محمد، امیدوار به خلیفه شدن بعد از عمر بوده‌باشد. زیرا قریش از جمع شدن پیامبری و خلافت در یک قبیله حمایت نمی‌کردند. وی معتقد است که این مهم از سنخ «کودتای صورت گرفته توسط ابوبکر و عمر» در سقیفه بنی‌ساعده نیست، بلکه از حسادت عمیق قریش نسبت به علی نشات می‌گیرد. بنابراین تنها شانس علی برای شرکت در امور مسلمین، مشارکت کامل وی در اهل شورا که توسط عمر پایه ریزی شد، می‌توانست باشد. ابن‌عباس روایت می‌کند که در جایی عمر به وی گفته که علی در واقع شایسته ترین شخص برای جانشینی محمد بوده، اما ما از وی به دو دلیل ترسیدیم. وقتی ابن‌عباس مشتاقانه از عمر در مورد این دو دلیل سوال می‌کند، عمر در پاسخ به وی می‌گوید، اولی جوان بودن و دومی علاقه زیاد علی به خاندان بنی‌هاشم. بر اساس این روایت، تمامی آرزوهای علی و هوادارانش برای احراز خلافت مبدل به ناامیدی گردید. عمر در خلال این پاسخ، به سقیفه بنی‌ساعده اشاره می‌کند. در این اشاره، عمر به عقیده‌اش درباره تشکیل شورا به عنوان مبنایی برای تعیین خلیفه اشاره کرده و عملا، از این به بعد، هر گونه تعیین خلیفه بدون مشورت را تقبیح می‌نماید. بنابراین با این کار، خلافت نمی‌توانست در انحصار قبیله‌ای خاص باشد و به تمامی قریش تعلق داشت.
کائتانی در این زمینه علت قتل عمر بر این باور است که ابولؤلؤ (قاتل عمر) وسیله ای برای توطئه قتلی از سوی صحابیانی چون علی، طلحه و زبیر بوده است و عبید الله بن عمر (که در جنگ صفین در سال ۳۷ هجری کشته شد) به این توطئه معتقد بوده اما دست به عملی دیوانه وار (کشتن هرمزان و دخترش) زده است. دانشنامه اسلام معتقد است محققانی چون لاوی دلا ویدا و مادلونگ نشان داده اند که این دیدگاه کائتانی را بی پایه و اساس است.
در هنگام مرگ عمر، شورایی برای انتخاب خلیفهٔ بعدی تشکیل شد. اعضای این شورا شامل علی، عثمان، طلحه، زبیر، عبدالرحمن بن عوف و سعد بن ابی وقاص بودند. از آنجایی که طلحه دقیقا بعد از انتخابعثمان به مدینه بازگشت، سعد بن ابی وقاص به عنوان نمایندهٔ رسمی وی در شورای انتخاب خلیفه حضور داشت. علی و عثمان دو کاندیدای نهایی بودند، ولی در نهایت، رأی به نفع عثمان اعلام گردید. عثمان، برادر زن عبدالرحمن بن عوف بود. علاوه بر این، عمر به عبدالرحمن بن عوف در انتخاب خلیفهٔ بعدی، اختیارات بیشتری داده بود و در هنگام خلافتش نیز به رای او تکیه داشت. علی به اتکای نزدیکترین قرابت خویشاوندی‌اش با محمد، ادعای خود برای خلافت را قاطعانه مطرح کرد. در حالی که عثمان، کاندیداتوری خود را منفعلانه پیش می‌برد. عبدالرحمن بن عوف، علاوه بر صحبت جداگانه با دو کاندیدا، شبانه با سران قریش مشورت کرد و از حمایت قاطع آنان از عثمان مطلع شد. قبیله بنی‌امیه که با وجود عثمان به عنوان کاندیدای خویشاوند، دیگر الزامی به حمایت از علی که نسبت خویشاوندی دورتری به آنها داشت، نداشتند. قبیله بنی‌مخزوم نیز علیه علی، از عثمان حمایت کردند. عبدالله بن ابی ربیعه، رهبر بنی‌مخزوم و فرمانروای الجند، به عبدالرحمن بن عوف هشدار داد که اگر با علی بیعت کند با نافرمانی قبیله‌اش و اگر با عثمان بیعت کند با اطاعت قبیله‌اش مواجه خواهد شد. در واقع علی در شورای انتخاب خلیفه، حامی نداشت. علی و عثمان هر دو در صورت عدم موفقیت در انتخاب، به انتخاب دیگری راضی بودند. بر حسب بعضی روایات، علی موفق شد که عبدالرحمن بن عوف را متقاعد کند که به جای حمایت از عثمان، از وی حمایت کند. گرچه این مهم را می‌توان در خوشبینانه ترین حالت، حمایتی ضعیف به حساب آورد. علاوه بر این، زبیر که بعد از مرگ محمد از حامیان علی بود، در اینجا از عثمان حمایت می‌کرد. بنابراین عبدالرحمن بن عوف، دلیلی قاطع برای صدور رای به نفع عثمان داشت. او رای خود در مسجد و در ملا عام و با حضور دو کاندیدا اعلام کرد. بنابراین فشار زیادی بر روی علی وجود داشت که همان جا با عثمان بیعت خود را اعلام کند و او با اکراه موافقت کرد.
ویلفرد مادلونگ می‌نویسد عمر گرچه ممکن بود نگران احتمال انتخاب علی به عنوان خلیفه باشد، اما مدرکی وجود ندارد که وی مستقیما خواسته باشد تا بر شورا علیه علی تاثیر بگذارد. او چند وقت قبل در حضور عبدالرحمن بن عوف به او در مورد آرزوی قبیله بنی هاشم در مورد «حق خلافت انحصاری» این قبیله و «حق پایمال شده» علی، هشدار داده بود. چنین فکری بدون شک در اذهان عمومی نیز وجود داشته‌است. علاوه بر این، قتل عمر در مدتی اندک پس از آن، هرگونه مصالحه بین حامیان خلافت قریش و علی را منتفی می‌نماید. عبدالرحمن بن عوف به طور کامل بر احساسات عمر آگاه بود. او ممکن است نام خود را از میان کاندیداهای خلافت بیرون کشیده باشد تا بتواند رای قاطع جمع آوری کرده و از آن علیه علی استفاده کند. اما به نظر می‌رسد که این عمل ابتکار خودش باشد، نه یک عمل تمرین شده پیشنهادی از سوی عمر.
عبدالرحمن بن عوف به علی، سه شرط عمل به قرآن، سنت محمد و روش خلفای پیشین را عرضه کرد که علی تنها دو شرط اول را پذیرفت؛ در حالی که عثمان هر سه شرط را پذیرفت. بنابر روایت شرح نهج البلاغه ابن ابی الحدید، علی در این هنگام به برتری خود در امر خلافت تاکید کرد؛اما چون اقبال عمومی به عثمان بود، ناچار شد که با وی بیعت کند.
دوران خلافت عثمان
عثمان به بنی امیه که قوم و خویشش بودند بیش از حد امتیاز می‌داد، به طوری که نفوذ آنان روی وی سبب شد که با صحابه محمد مانند ابوذر غفاری، عبدالله بن مسعود و عمار بن یاسر بد رفتاری کند. این موضوع و مسائل دیگر خشم مردم در مناطق مختلف حکومت اسلامی را در سالهای ۶۵۰ و ۶۵۱ میلادی برانگیخت. بعد از اینکه مروان بن حکم عمو زادهٔ عثمان به عنوان مشاور وی انتخاب گردید، تسلط مروان بر وی باعث اعتراض بسیاری از صحابه محمد به خصوص اعضای شورای انتخاب عثمان گردید. بسیاری از آنان به عثمان اعتراض نموده و حمایت خود را از وی قطع کردند.
بنا بر نظر سید حسین نصر در دانشنامه بریتانیکا، بر طبق منابع شیعی، علی عثمان را به عنوان خلیفه به رسمیت می‌شناخت. اما موضع بی طرفی را بین هواداران و مخالفان وی اتخاذ کرده بود. بنا بر نظر رابرت گلیو در دانشنامه اسلام، علی حداقل به لحاظ معنوی سردسته مخالفان عثمان بود. در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابه دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بودند. او عنوان می‌داشت که عثمان از سنت پیامبر دچار انحراف شده‌است. مهمترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی بود. علی اصرار داشت که "حدود الهی" باید اجرا شود. از جمله در قضیه شراب نوشیدن ولید، حاکم کوفه، گفته می‌شود حد به دست خود علی اجرا شد. او در امور سیاسی حداقل به لحاظ معنوی نیز از سرکردگان مخالف عثمان شناخته می‌شد. در قضیه تبعید ابوذر با وجود ممنوعیت تعیین شده توسط عثمان او با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد. همچنین به نوشته پوناوالا در دانشنامه ایرانیکا، به روایت ابن اعثم علی می‌دانست که عثمان جرات نداشت که بر ضد وی عمل کند. در موقعیتهای بسیاری، علی با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی اختلاف نظر داشت. علی علنا اظهار همدردی خود با ابوذر غفاری نشان داده و قاطعانه در دفاع از عمار بن یاسر سخن رانده بود.
پس آن مردم در برخی از شهرها و مناطق علیه عثمان شورش کردند و رو به سوی مدینه آوردند. وی که در ابتدا حکم مجازات شورشیان را صادر کرده بود، وقتی که توسط پیک سریعی که توسط عبدالله بن سعد فرستاده شد، از قصد شورشیان آگاه شد، از آنجایی که به دلیل احتمال باز شدن راه برای خشونت دیگر قشرها، تمایلی به پذیرش شورشیان نداشت، به دیدار علی رفته و از او خواست که با شورشیان دیدار کرده و آنها را وادار کند که به شهر و دیارشان بازگردند. عثمان ضمن اینکه خود را از این به بعد ملزم به پیروی از توصیه‌های علی می‌کرد، به وی اختیار تام داد تا هرگونه که می‌خواهد با شورشیان مذاکره کند. علی به وی یادآوری کرد که قبلا هم با وی در این مورد صحبت کرده‌بود، ولی عثمان ترجیح داده‌بود که از مروان بن حکم و بنی‌امیه حرف‌شنوی کند. عثمان قول داد که از این پس، از آنان روی گردانده و از علی حرف‌شنوی کرده و دستور داد که دیگر انصار و مهاجران به علی بپیوندند. او همچنین از عمار خواست که به این گروه بپیوندد ولی وی این پیشنهاد را ردکرد.
علی در این زمان بدون آنکه مستقیما با عثمان مخالفت کند، تاثیر بازدارنده بر وی داشت. او انتقادات دیگر صحابه را به گوش عثمان می‌رساند و به نظر می‌رسد که به علت سوءظن‌های به وجود آمده بین علی و اقوام عثمان، از طرف عثمان با مخالفانی که از دیگر استانها به مدینه آمده بودند، مذاکره نمود. وقتی بعدا شورشیان منزل عثمان را محاصره کردند، علی با اصرار بر اینکه عثمان نباید از آب منع شود، تلاش نمود شدت محاصره را کم کند. وقتی که عثمان در معرض خطر حمله قرار داشت، علی پسرانش را به منظور محافظت از خانه وی روانه کرد. وقتی عثمان توسط گروهی که وی را در خلافت ضعیف و متهم به قوم و خویش سالاری می‌کردند، کشته شد، علی پسرانش را به دلیل محافظت نامناسب از خانه عثمان، مورد مواخذه قرار داد.
خلافت
برگزیدگی به خلافت
پس از کشته شدن عثمان به دست شورشیانی از مصر و کوفه و بصره، نظرها بر علی و طلحه بود. در این میان اهالی مصر، حامیانی برای طلحه که به عنوان مشاورشان فعالیت می‌کرد و کلیدهای خزانه را در اختیار داشت، وجود داشت. در حالی که بصریان و کوفیان که به مخالفتهای علی با ظلم و بیداد توجه داشتند و اکثر انصار، آشکارا تمایل بر خلافت علی داشتند و بالاخره حرف آنان به کرسی نشست. در این میان مالک اشتر که رهبر کوفیان بود، به نظر می‌رسد که نقش اصلی را در تامین امنیت برای خلیفه شدن علی داشته‌است.
روایات در مورد برگزیده شدن علی برای خلافت، بعضا گیج کننده و متناقض‌نما هستند. علقمه بن وقاص لیثی کنانی از مشاوران نزدیک طلحه، روایت می‌کند که تلاشهای بی‌ثمری برای تشکیل یک شورا از میان اصحاب برجسته قریش در مورد بحث بر سر تعیین خلیفه آتی وجود داشته‌است. علقمه جلسه‌ای در خانه مخرمه بن نوفل تشکیل می‌دهد. ابوجهم بن حذیفه در آن مجلس گفت که کسی که ما با او بیعت می‌کنیم باید قصاص خون عثمان را پی‌گیری کند. عمار بن یاسر در آن جلسه حضور داشت و با این موضوع مخالفت کرد. ابوجهم به او می‌گوید که چه طور برای شلاقهایی که خوردی قصاص می‌طلبی اما برای خونعثمان نه؟ و جلسه به هم می‌خورد. از دیگر مشارکت کنندگان در جلسه نامی برده نشده، ولی حضور ابوجهم این احتمال را در ذهن می‌آورد که طلحه در آنجا حضور داشته ولی حضور علی در آنجا نامحتمل است. ویلفرد مادلونگ می‌نویسد عمار احتمالا می‌خواسته که مانع از انتخاب طلحه گردد. وی بر این باور است که طلحه که عامل عمده تحریک شورشیان بوده حال آشکارا قصاص خون عثمان را پی گیری می‌کند تا خلافت را به دست آورد.
علی و پسرش محمد حنفیه در مسجد بودند که خبر کشته شدن عثمان به گوششان رسید. آنها سریعا مسجد را به قصد خانه ترک کردند. بر طبق روایت محمد، اصحاب بسیاری با علی ملاقات کرده و خواستند با وی بیعت کنند. در ابتدا علی مخالفت کرد، ولی بعدا گفت که هر گونه بیعت باید در ملا عام و در مسجد باشد. صبح روز بعد، شنبه، علی به مسجد رفت. عطیه بن سفیان ثقفی که همراه وی بود روایت می‌کند که با گروهی مواجه شد که همگی خواهان خلافت طلحه بودند، ابوجهم بن حذیفه سوی علی آمد و به او گفت که مردم بر خلافت طلحه متحد شده‌اند و تو به این موضوع توجه نداشتی. علی در پاسخش گفت که پسرعموی من کشته شده، حال من از خلافتش محروم می‌شوم؟ سپس به سمت خزانه رفت و آن را گشود. وقتی مردم این موضوع را شنیدند از طلحه روی گردانیده و به علی پیوستند.
ویلفرد مادلونگ معتقد است که بخش آخر روایت عطیه، غیر قابل اتکا است. وی بر این باور است که نامحتمل است که علی در این زمان، خزانه را گشوده باشد. بلکه وی با هوادارانش به سمت بازار رفت و آنها به وی اصرار کردند که خلافت را بپذیرد. علی وقتی به کنار خانه عمر بن محصن انصاری رسید، اولین بیعت‌ها را دریافت کرد. روایات کوفی حاکی از این هستند که مالک اشتر اولین کسی بود که با وی بیعت نمود.
احتمالا در این زمان، طلحه و زبیر طبق روایت مدائنی از ابوالملیح بن اسامه حظلی اولین بیعتهای نابه‌دلخواه خود را با علی انجام داده‌اند. حسن بصری روایت می‌کند که زبیر را به یاد می‌آورد که در باغی محصور با علی بیعت کرد. بنی ربیعه در بصره نیز نقل می‌کند که طلحه نیز در باغی محصور، در حالی که شمشیری بالای سرش بود، با علی بیعت کرد. علی بر طبق روایت زید بن اسلم، دوباره اصرار می‌کند که هرگونه بیعت باید در مسجد صورت پذیرد. سرانجام در ۱۹ ذیحجه سال ۳۵ برابر ۱۸ ژوئن ۶۵۶ علی رسما به خلافت برگزیده شد.
به نظر می‌رسد که علی شخصا از اعمال فشار بر روی دیگران برای بیعت با خودش، خودداری می‌کرد. وقتی سعد بن ابی‌وقاص برای بیعت با علی آورده شد، گفت که قبل از اینکه مردم با علی بیعت کنند، با وی بیعت نخواهدکرد. اما به علی اطمینان داد که چیزی برای ترسیدن از وی ندارد. علی دستور داد تا بگذارند که سعد برود. سپس عبدالله بن عمر آورده شد. وی نیز گفت که قبل از اجماع مردم بر علی، با وی بیعت نمی‌کند. علی از وی ضامنی خواست تا عبدالله پس از بیعت مردم، فرار نکند و عبدالله درخواست علی را رد کرد. مالک اشتر به علی گفت که عبدالله از شلاق و شمشیر تو در امان است. او را به من واگذار. علی به مالک گفت که رهایش کن که من ضامن او هستم. علی گفت که همیشه عبدالله را چه در بچگی و چه در بزرگسالی، فردی ستیزه‌رو دیده‌است. مخالفت عبدالله بن عمر، بر خلاف مخالفت سعد بن ابی‌وقاص و بر ضد علی بود. پس از برگزیدگی علی، عبدالله پیش وی آمده و گفت که علی از خدا بترس و بدون مشورت، زمام امور مسلمین را بر عهده نگیر. سپس عبدالله، به مکه رفته و به مخالفان علی پیوست.
الشعبی روایت می‌کند که علی کسی را به دنبال محمد بن مسلمه فرستاد تا با وی بیعت کند. اما محمد خود را معذور داشت به این دلیل که پیامبر اسلام به وی فرمان داده بود که وقتی ببیند که بین مردم مناقشه وجود دارد، شمشیرش را بشکند و در خانه بماند. وهب بن سیفی الانصاری نیز همین عذر را برای علی آورد. علی بعد از آن از اسامه بن زید دعوت کرد تا با وی بیعت کند. اسامه در حالی که اذعان می‌داشت که علی عزیزترین شخص در نزد وی است، خود را به این دلیل معذور داشت که به محمد تعهد داده بود که هیچگاه با کسی که اقرار به مسلمانی می‌کند، نجنگد.
انتخاب علی به عنوان خلیفه جدید، در جوی انجام گرفت که پر از التهاب و ترس و وحشت بود. کائتانی معتقد است، این انتخاب بدون موافقت قبلی صحابیون نامدار محمد که قطعاً وقایع قتل عثمان را پیش بینی می کردند، صورت گرفت. دانشنامه اسلام معتقد است که انتخاب علی به عنوان خلیفه، به این دلیل نبود که وی و خانواده اش جایگاهی بالا داشتند یا به این دلیل که وی وفادار به محمد بوده است، بلکه بیشتر به این دلیل بوده که انصار که نفوذ دوباره خود در شهرشان مدینه را بازیافته بودند، وی را حمایت کردند و از طرف دیگر بنی امیه نیز دچار پریشانی و اغتشاش شده بودند. اما دولت نوپای علی از همان بدو تاسیس مورد حمله ی صحابیونی که به آرزوهایشان نرسیده بودند و معاویه که تنها والی از خاندان امیه بود که توانسته بود، کنترل مقر امارتش شام را حفظ کند، قرار گرفت.
علی پس از برگزیده شدن به خلافت از کشندگان عثمان و همچنین از فرقه‌ای که برای او جایگاه فوق بشری قائل بودند دوری جست.
هنگامی که علی به خلافت رسید، مرزهای اسلامی از غرب تا مصر و از شرق تا ارتفاعات شرقی ایران پیش رفته بود. اما اوضاع حجاز در این ایام، ناآرام بود. از اقدامات مهم علی پس از رسیدن به خلافت، عزل کردن والیانی بود که قبلاً عثمان آنها را منصوب کرده بود. او آنها را عزل کرد و به جای آنها کسانی را که از نظر وی قابل اعتماد بودند، گماشت. در هنگام عزل و نصب والیان، ابن‌عباس و مغیرة بن شعبه وی را به احتیاط و عملکرد مصلحت‌آمیز دعوت کردند. اما علی به حرف این دو عمل نکرد. ویلفرد مادلونگ معتقد است که علی عمیقا از وظیفهٔ اسلامی خود آگاه بود و در راه حفظ شریعت اسلام، حاضر نبود که مصلحتی را بر حقی مقدم بشمارد؛ به طوری که حتی حاضر بود در این راه با مخالفانش پیکار کند.
علی پس از رسیدن به خلافت تمامی اموال و زمینها و بخشش‌هایی که عثمان و خلفای ماقبل در زمان خلافتشان به بعضی از اشراف داده بودند، پس گرفت. وی مخالف تمرکز کنترل خلیفه بر روی درآمدهای استانی بود. او غنایم و بیت‌المال را از انحصار اشراف درآورد و به طور مساوی بین تمامی مسلمانان تقسیم کرد. او همچنین در توزیع بیت‌المال از تعصبات قومی و قبیله‌ای خودداری می‌کرد؛ به طوری که حاضر نشد به برادرش عقیل بن ابی طالب بیشتر از سهمش از بیت‌المال بدهد. در حکومت وی، تمامی مسلمانان، چه آنهایی که سابقه‌ای طولانی در اسلام داشته بودند و چه آنهایی که به تازگی مسلمان شده بودند از نقطه نظر توزیع بیت‌المال، یکسان نگریسته می‌شدند. ایرا لاپیدوس معتقد است علی که بر مبنای از خودگذشتی‌اش در خدمت به محمد و اسلام ادعای خلافت کرده‌بود، حال به خاطر اینکه قاتلین عثمان وی را در رسیدن به مسند خلافت حمایت کرده‌بودند، خود را به خطر انداخته‌بود. علی همچنین بر خلاف عمر، پیشنهاد داد که تمام درآمدهای دیوانی توزیع گردد و چیزی از آن اندوخته نگردد.
پس از خلافت، بسیاری از قبیله قریش از او روی گرداندند، چون او از حقوق عشیره بنی‌هاشم که عشیره پیامبر بود دفاع می‌نمود. او همچنین متهم به این شد که از مجازات کشندگان عثمان خودداری و سمت‌های اداری را از طرفداران عثمان پاکسازی می‌کند. یکی از مهمترین مخالفان علی، معاویه بود. معاویه فرماندار شام و از خویشان عثمان بود که بدین سبب خونخواهی کشندگان عثمان را حق خود می‌دانست.
جنگ جمل
شکل گیری اپوزیسیون عایشه
عایشه که از مخالفان عثمان حمایت می‌کرد در راه بازگشت به مدینه پس از طواف خانه کعبه، پس از آنکه خبر قتل عثمان و به خلافت رسیدن علی را شنید، به مکه بازگشت و فعالانه به کمپینی علیه علی و چهار ماه بعد به طلحه و زبیر پیوست. کینه عایشه نسبت به علی از حادثه‌ای که در آن اتهامی که به عایشه زده‌بودند، نشات می‌گرفت که علی در آن حادثه به محمد توصیه کرد که عایشه را طلاق دهد. علاوه برعایشه، افرادی از بنی‌امیه که از مدینه فرار کرده‌بودند و بر طبق نظر روبرت گلیو خلافت را در انحصار بنی امیه می‌دیدندو اهدافشان با طلحه و زبیر متفاوت بود، در مکه جمع شده و به والیان عزل شده بصره ویمن پیوستند که از بیت المال برای خود پول آورده‌بودند. طلحه و زبیر که پیشتر از آرزوهای سیاسی خود ناامید شده‌بودند، با مخالفت علی در نگهداری حکومت بصره و کوفه برای این دو، ناامیدیشان افزون‌تر گردید. این دو وقتی شنیدند که هوادارانشان در مکه جمع شده‌اند، از علی درخواست کردند که اجازه دهد که به بهانه عمره مدینه را ترک گویند. پس از آن، این دو بیعت خود با علی را شکسته و مسئولیت قتل عثمان را به گردن وی انداخته و از وی خواستند که قاتلین را محاکمه کند.
دانشنامه اسلام می‌نویسد طلحه و زبیر و عایشه اذعان داشتند که حدود باید برای همه به طور مساوی برپا داشته شود و یک سری اصلاحات باید انجام گیرد. از آنجایی که این سه تن در سرنوشت عثمان به نوبه خود مسئول بودند، علت شورششان در راستای درخواست برای خونخواهی از عثمان و مقصودی که از اصلاحات مد نظر داشتند، مبهم به نظر می‌رسد. جنبش‌های اجتماعی و اقتصادی که به خاطر ترس از تاثیر گذاری تندرویان بر علی به وجود آمده بودند، به نظر می‌رسد که توضیح قانع کننده تری از یک احساس شخصی برای اعمال و عواقبش داشته باشند. در میان مخالفان عثمان، میانه روها بدون شک خواستار تغییر سیاستهای وی بودند. ولی هیچ کس فکر نمی‌کرد که کار به تغییرات اساسی فعلی بکشد. برخی مورخین بر این باورند که این چند تن کشته شدن عثمان را بهانه‌ای برای مخالفت با علی و جاه طلبی خود قرار دادند، زیرا آنها، خلافت علی را با منافع خود، سازگار نمی‌دیدند. از سوی دیگر، شورشیان مدعی بودند که خون عثمان نیازی به قصاص ندارد، زیرا وی به خاطر عمل نکردن به قرآن و سنت محمد کشته شده‌است. وسیا وگلییری معتقد است علت واقعی این شورشها بر علیه علی، رویکرد بخشایشگر علی نسبت به مقصران در این قضیه (که این تفکر را القا می کرد که آنان مجازات نخواهند شد)، عدم برخورد قاطعی از سوی علی با شورشیانی که بسیاری از مردم را به خاطر تکبر و خطرآفرین بودن شورشیان، از دست آنان فرار کرده بودند و سیاست محبوب ضد اشرافی گری قریش علی بوده است.
پس از آنکه طلحه و زبیر در جمع آوری حامیان در حجاز ناکام ماندند، به آرزوی پیداکردن نیرو و منابع لازم برای بسیج کردن حامیان عراقی، با چند صد سرباز تصمیم گرفتند به بصره بروند.ویلفرد مادلونگ تخمین می‌زند که این سه تن، تقریبا چهار ماه پس از خلافت علی در ربیع الثانی ۳۶ هجری مصادف با اکتبر ۶۵۶ میلادی، به همراه حامیانشان، مکه را به سمت عراق ترک کردند.
تعقیب سپاه عایشه توسط سپاه علی
وقتی علی از این موضوع مطلع شد، سپاه علی با استفاده از ردپایشان، شروع به تعقیبشان کرد اما نتوانست که به آنها برسد. علی کاملا مجبور به جلوگیری از تصرف عراق توسط این گروه شد، چرا که شام فقط از معاویه اطاعت می‌کرد. در مصر نیز هرج و مرج وجود داشت. بنابراین با از کف رفتن عراق، عملا استانهای شرقی وابسته به آن نیز از دست می‌رفتند. شورشیان بصره را تصرف کرده و والی گماشته شده از سوی علی را اخراج کرده و بسیاری از مردم را کشتند. علی از کوفیان درخواست یاری کرد و به خیانتهایی در عراق پی برد.
علی بر آن بود که جلوی شورش این کمپین را بگیرد اما موفق نشد. در ربذه، علی متوجه گردید که کمپین عایشه این منزل را پیشتر از علی، ترک کرده است. سپاه علی نیز به سرباز و حمایت مالی نیاز داشت، بنابراین ذهن علی متوجه عراق گردید. از طرفی دیگر سپاه عایشه به طرف بصره می شتافت. در منطقه حوئب، سگها به لشکریان عایشه پارس می کردند. عایشه با شنیدن صدای سگها، یاد سخنی از محمد افتاد که وی را از بانگ سگهای حوئب بیم داده بود و تصمیم به منصرف شدن از ادامه لشکر کشی گرفت. اما لشکریانش قسم خوردند که آنجا، منطقه حوئب نبوده و خیال عایشه آسوده شد و به مسیرش ادامه داد. لارا وسیا وگلییری معتقد است مساله پارس سگها حوئب، تنها به خاطر توجه زیادی که به آن در منابع شده، اهمیت پیدا کرده است.
رسیدن سپاه عایشه به بصره
وقتی سپاه عایشه به بصره نزدیک شد، تبلیغات و سخنرانی هایش را شروع نمود. عایشه با فرستادن پیک و نامه به افراد سرشناس بصره، کوشید که بصریان را به کمپین خود ملحق کند. عایشه هدف خود را از این قیام، اصلاح نامید و خواستار اجرای حدود بر روی قاتلین عثمان، اعمال امنیت و نظم در جامعه درگیر هرج و مرج اسلامی و انتخاب مجدد خلیفه ای مشروع توسط شورا گردید و انتخاب مجدد علی را به عنوان خلیفه منوط به بازگشت به سنت محمد و از بین بردن امتیازات دانست.
درگیری طرفداران عایشه با طرفداران علی در بصره
مردم بصره به دو گروه تجزیه شدند، گروهی به والی منتخب علی (عثمان بن حنیف که بر حسب وظیفه با کمپین عایشه مخالف بود و منتظر آمدن علی به بصره بود) وفادار مانده و گروهی نیز به کمپین عایشه پیوستند که هر چه می گذشت سپاهش در حال افزایش تعداد بود. در یک سخنرانی در مربد (تفرجگاهی در سه مایلی بصره) کمپین عایشه شروع به تبیلغات کرد و عملش موفقیت آمیز بود. ناآرامی ها در بصره شروع شد. غوغا و شورشی در محل دباغان مربد رخ داد و در روزهای پس از آن جنگی در دارالرزق رخ داد (منابع بر روی جزئیات این ماجرا متفق القول نیستند.). در همین مکان بود که حکیم بن جبله فرمانده نظامی شهر کشته شد. وی تا این زمان به خاطر اینکه از طرفداران سر سخت علی بود، دست به کاری نزده بود و منتظر آمدن علی بود. پس از آن، جنگ بر سر قدرت در شهر بصره به حالت متارکه درآمد. دو طرف به منظور تعیین حاکم بصره، پیکی را به سوی مدینه راهی نمودند تا اطلاع حاصل کند که آیا واقعا طلحه و زبیر به زور با علی بیعت کردند یا خیر. وگلییری معتقد است که عثمان بن حنیف با این کار می خواسته برای خود زمان بخرد. در این حین، اوضاع تغییری نکرد و قصر حکومتی، مسجد جامع و بیت المال بصره در اختیار عثمان بن حنیف بود. اما به خاطر اهمیت مساله امامت نماز، توافق حاصل شد که دو گروه بصره هر کدام برای خود امام جماعت مجزا داشته باشند. امام گروه طرفدار علی، همان عثمان بن حنیف شد. اما طلحه و زبیر بر سر امام جماعت گروه عایشه با یکدیگر نزاع کردند. عایشه دستور داد که این دو به نوبت امامت را عهده دار شوند. بر طبق روایتی دیگر، عایشه دستور داد تا پسران این دو یعنی محمد بن طلحه و عبدالله بن زبیر، به نوبت امام جماعت شوند.
درخواست یاری علی از مردم کوفه
در حالی که مذاکرات با عثمان بن حنیف به مدت ۲۶ روز به پیش می رفت، علی به ذی قار نزدیک شد. وی ترجیح داد به جای این که به بصره لشکر کشی کند، حمایت کوفه را جلب کند. ویلفرد مادلونگ می نویسد ظاهرا حسن مخالف سیاستهای علی در جنگیدن با مخالفان بوده است، چرا که حسن معتقد بود که این جنگها باعث بروز تفرقه در امت اسلامی می گردد. در هنگام عزیمت علی از مدینه به سمت بصره (قبل از وقوع جنگ جمل) علی در جایی توقف کرد و با قریشیان مکی بصره دیدار کرد. بلاذری می نویسد که حسن در آنجا با التماس و زاری از پدرش علی خواست که دست از جنگ بکشد تا امت اسلامی بر خلافتش متفق القول شوند. اما علی به توصیه حسن توجهی نکرد. در منزلگاه بعدی به نام فید، علی، حسن را به همراه عمار بن یاسر به کوفه فرستاد تا از آنجا حامی جلب کند.
ابوموسی اشعری والی کوفه پیش از جنگ جمل با علی بیعت نمود و با وجود اینکه با روی کار آمدن علی، اکثر حاکمان گمارده شده از سوی عثمان، عزل شدند، در مقامش ابقا شد. اما وقتی که جنگ بین طلحه و زبیر و عایشه با علی بالا گرفت، ابوموسی موضعی بی طرف اتخاذ کرد و با وجود تحت فشار گذاشتنش، از تصمیمش منصرف نشد. وی مردم کوفه را بی طرفی در جنگ داخلی بین مسلمانان فرا می خواند. سرانجام حامیان علی وی را از کوفه بیرون کردند و علی نامه ای شدید الحن به وی نوشت و عزلش کرد. نمایندگان علی (مالک اشتر، ابن‌عباس، حسن و عمار بن یاسر) تلاش بسیاری برای جلب حامی برای سپاه علی انجام دادند تا بالاخره شش، هفت یا ۱۲ هزار نفر را به سپاه علی ملحق کردند. مادلونگ می نویسد حسن توانست لشکر شش یا هفت هزار نفره فراهم کند و آنان را به ذی قار آورد و به علی ملحق کرد.
بازگشت پیک و از سرگیری جنگ در بصره
پیکی که به سوی مدینه فرستاده شده بود، به بصره بازگشت و سخن طلحه و زبیر را تایید کرد. اما نامه ای نیز به عثمان بن حنیف رسید که دقیقا عکس این مطلب را بیان می کرد. بنابراین عثمان بن حنیف، حاضر نشد پستش را ترک کند و دو گروه درون مسجد جامع با یکدیگر به جنگ پرداختند. اما از آن مهمتر، حمله سپاه عایشه به بیت المال بصره بود. آنان محافظان بیت المال را که از قبایل زط و سیابجه بودند، کشتند (یا زندانی کرده و سپس سر بریدند) و همچنین عثمان بن حنیف را مجبور کردند که قصر حکومتی را ترک کند و موی سر و ریشش را کندند. عثمان آنان را تهدید کرد که با استفاده از برادرش سهل بن حنیف که والی مدینه بود، انتقام خود را از خانواده های سپاه عایشه خواهد گرفت و به همین علت آزادش کردند و وی به علی پیوست.
لارا وسیا وگلییری در باب اینکه چه کسی آغازگر جنگ بوده است می نویسد گرچه برخی منابع میانه روی سپاه عایشه را می ستایند و از فرمان عایشه به سپاهش مبنی بر عدم استفاده از سلاح مگر به عنوان دفاع از خود سخن می گویند، اما سپاه عایشه آغازگر جنگ است، چرا که به پول و تجهیزات نیاز داشتند و می ترسیدند که در بین سپاه علی که در حال آمدن به بصره بود و سپاه عثمان بن حنیف محصور شوند. سپاه عایشه پس از تصرف بصره، فرمانی عمومی اعلام کردند مبنی بر اینکه تمامی کسانی که در محاصره خانه عثمان شرکت داشتند باید تحویل سپاه عایشه شوند و مانند سگان کشته شوند. این گروه را در منابع، نفار می نامند. مردم اطاعت کردند و در منابع بیان شده که ۶۰۰۰ نفر در همین راستا کشته شدند. تنها حرقوص بن زهیر از این ماجرا جان سالم به در برد، چرا که قبیله اش محافظ وی شدند. این کشتار و نحوه توزیع غنایم و مزایا از سوی طلحه و زبیر که به حامیانشان تعلق می گرفت، بخشی از مردم بصره را خشمگین نمود و ۳۰۰۰ تن از آنان که جزو بنی عبدالقیس بودند، به علی در ذی قار پیوستند. قبیله بنی تمیم که مهمترین قبیله بصره و تحت امر احنف بن قیس بود، در این میان بی طرف ماند
رسیدن علی به بصره و مذاکره با طلحه و زبیر و عایشه
علی به بصره نزدیک شد و باب مذاکرات با طلحه و زبیر و عایشه را باز کرد. همه در حال حاضر فکر می کردند توافق بین طرفین حاصل شده است، جنگ بین دو سپاه ناگهان آغاز گردید. در منابع در مورد آغازگر جنگ روایاتی گوناگون داریم. بر طبق برخی روایات، علی به لشکریانش دستور داد که جنگی را آغاز نکنند، اما پس از آنکه برخی از حامیان علی کشته شدند، وی خود را مستحق دانست که جنگ را علیه برخی مخالفانش از اهل قبله آغاز کند. رسول جعفریان در باب آغازگر معتقد است چون گفتگوها بی اثر بود، علی یکی از مسلمانان را با قرآن در میان مخالفان فرستاد تا آنها را به صلح دعوت نماید. آنها شخص فرستاده شده را کشتند و با این عمل آتش جنگ شعله گرفت. طبری روایتی دیگر دارد و حاکی است که از آنجا که علی تمایل نداشت از کسانی از سپاهش که در قتل عثمان دخیل بودند، حفاظت کند، آنان سرنوشت خود را در خطر دیدند و جنگی را به طور مخفیانه از علی آغاز کردند. سید علی نصر در دانشنامه بریتانیکا علت تحمیل جنگ را به تندرویان هر دو طرف سپاهیان نسبت می‌دهد.
کار جنگ
منابع در مورد جنگ جمل، حاکی یک سری نبردهای دو نفره، شجاعت جنگندگان و شعرها و رجزهای خوانده شده توسط آنان است. اما این روایات، روند ادامه جنگ را از لحاظ نظامی و تاکتیکی توضیح نمی دهند. آنچه از این روایات بر می آید این است که بنا به سنت عرب، جنگ بیشتر شامل نبردهای دو نفره و دوئل وار بوده و درگیری گروهی و گسترده در آن به چشم نمی خورد. مهمترین بخش جنگ، حول هودج عایشه و شترش در جریان بود. وجه تسمیه این جنگ این است که عایشه در مرکز میدان جنگ و بر روی شتری سوار بود. محاسبه آمار دقیق رزمندگان در این جنگ و کشته شدگان غیر ممکن است. چرا که منابع در مورد تلفات جنگ، اعدادی بین ۶۰۰۰ تا ۳۰۰۰۰ تن گزارش می دهند. وگلییری می نویسد عدد ۳۰۰۰۰ اغراق است، زیرا افرادی که از مدینه به همراه علی آمدند و افرادی که بعدا به وی پیوستند سر جمع به سختی به ۱۵۰۰۰ تن می رسد.
لازم به ذکر است که افرادی که در مقابل هم می جنگیدند، بعضا عضو یک قبیله، خاندان و حتی بعضا خانواده بودند. عایشه در هنگام جنگ سوار بر هودجش بر روی شتر بود. عایشه حضورش کاملا در هودج شترش احساس می‌گردید و از این حضورش، میل شدیدش برای مخالفت با علی هویدا بود. در اثر جنگیدن محافظان عایشه، شتر عایشه به خون آنها آغشته شده بود. هودج را با فلز و دیگر اشیا پوشانیده بودند تا به وی آسیبی نرسد و خود شتر را نیز مجهز به زره کرده بودند. در پایان جنگ، از بس تیر به هودج خورده بود، هودج شبیه به خارپشت به نظر می آمد. عایشه در این جنگ آسیبی ندید، تنها یک خراش جزیی بر روی یکی از بازوانش به وجود آمد. جنگ حول شتر بسیار شدید بود. محافظان عایشه یکی پس از دیگری کشته می شدند و هر که کشته می شد، افسار شتر عایشه را یکی دیگر از لشکریانش می گرفت. بین ۴۰ تا ۲۷۰۰ نفر برای محافظان کشته شده عایشه ذکر کرده اند. سپاه علی پیروز شد و یاران علی زانوی شتر را قطع کردند و شتر به همراه عایشه به زمین نشست. اما عملا پیش از این هم جنگ به پایان رسیده بود، چرا که طلحه توسط تیری که بسیاری از منابع آن را کار مروان می دانند، زخمی شده و پس از برده شدن به یک خانه در گذشت. روبرت گلیو می نویسد انگیزه مروان از این عمل، این بود که وی، طلحه را هیچگاه در قتل عثمان بی تقصیر نمی دانست. زبیر نیز پس از اینکه با علی دیدار کرد و علی وی را به یاد سخنی از محمد در مورد خودش انداخته بود، در مشروعیت جنبشی که به راه انداخته بود دچار تردید گشت و میدان جنگ را ترک نمود. برخی از قبیله بنی تمیم وی را تعقیب کردند و وی را در جایی خلوت به نام وادی السباع به طرز توطئه آمیزی کشتند. احنف بن قیس را محرکان قتل زبیر دانسته اند.
عایشه بازداشت گردید اما با احترام با وی رفتار شد و علی وی را (تحت مراقبت) به مدینه فرستاد و در این تصمیم سر سخت بود. او به سپاه عایشه امان داد و با برخی افراد مخالف همچون مروان بن حکم صلح نمود و وی به معاویه در شام پیوست. این عمل علی، باعث بروز ناآرامی هایی در سپاهش گردید. مطلبی مهمتر که باعث شد تندرویان سپاه علی وی را متهم به خروج از دین بکنند، این بود که علی مانع از به کنیزی گرفتن زنان و فرزندان و گرفتن اموال کشته شدگان جنگ در سپاه عایشه گردید و تنها اموالی که در میدان جنگ به دست می آمد را مجاز به گرفتن دانست. آنان از علی پرسیدند که چطور ریختن خون این افراد حلال بوده اما اموالشان حرام است و خوارج از این پس این مساله را یکی از اتهامات وارده بر علی مبنی بر خروج از دین به حساب می آوردند.
روبرت گلیو معتقد است که گرچه در مورد فرار و خیانت و حقارت در این جنگ، در منابع اغراق شده اما این دلایل به خوبی نشان دهندهٔ بی‌ثباتی مخالفان علی و حاکی از علت پیروزی آسان علی در این جنگ است.
پس از نبرد جمل تا پیش از جنگ صفین
علی وارد بصره شد و پول‌هایی را که در بیت المال یافت را به طور مساوی میان حامیانش تقسیم کرد. این عمل احتمالا نشانه این است که وی به مسلمانانی که به اسلام از روزهای اولش خدمت کرده بودند و مسلمانان بعدی ای که در فتوحات نقش داشتند، یکسان مواجب می‌داد و به کوفه به منظور جلب حمایت علیه معاویه رفت. مردم بصره با علی بیعت کردند. علی، ابن‌عباس را والی بصره نمود و زیاد بن ابیه را به دستیاری ابن‌عباس گماشت. مالک اشتر به خاطر این موضوع خشمگین شد. چرا که پسران عباس، یکی والی بصره، یکی والی مکه و دیگری والی یمن شده بودند. علی موفق به تشکیل ائتلافی گسترده شد که دو گروه جدید را به حامیانش افزود. اولی قاریان که آخرین امیدهای خود در بازیابی نفوذ خود را در وی می‌دیدند و دومی رهبران قبایل سنتی که مجذوب مساوات وی در تقسیم غنایم شده بودند. شکل گیری موفق آمیز این ائتلاف که افراد گوناگونی چون عمار بن یاسر (مهاجر)، قیس بن سعد عباده (انصار)، مالک اشتر (قاریان)، اشعث بن قیس (رهبر سابق رده که رئیس قبایل کوفی بود) را هم دربر می‌گرفت به نظر می‌رسد که به خاطر شخصیت قابل توجه علی بوده باشد.
پس از نبرد جمل، چون علی همچنان به سیاست برابری و عدالت در توزیع مالیات و غنایم پایبند بود توانست حمایت اصحاب محمد به خصوص انصار، رهبران قبایل و قاریان قرآن که خواهان داشتن رهبری پیرو احکام اسلام بودند را از آن خود کند.
تغییری که علی در زمان خلافتش انجام داد این بود که جنگجویان مسلمان را از غارت و اخذ غنیمت و تقسیم آن میان خود پس از فتوحات منع کرد. بجای آن مالیات اخذ شده از شهرها را به عنوان حقوق و نه غنیمت جنگی و به میزان ثابتی میان جنگجویان پخش می‌کرد. بر اساس گزارشی این اولین مورد اختلافی بود که میان علی و خوارج پیش آمد.
جنگ صفین
علی بی درنگ پس از کامیابی در ساکت کردن شورش طلحه و زبیر، به شام (سوریهٔ امروزی) در شمال سرزمین‌های اسلامی روی آورد. معاویه حاکم سرزمین شام بود او در زمان عمر به فرمانداری این منظقه گماشته شده بود و در زمان عثمان در آن جا تثبیت شده بود. میان شورشهای طلحه و زبیر با شورش معاویه یک تفاوت اصلی بود که در مورد نخست، طلحه و زبیر به دنبال شورا و برگزیدن یک خلیفهٔ دیگر بودند ولی معاویه ادعا می‌کرد که به خون خواهی عثمان برخاسته‌است و درخواست مجازات قاتلین وی را دارد. دانشنامه ایرانیکا می‌نویسد علی معتقد بود که عثمان به این دلیل کشته شد که مردم به خاطر اعمال مستبدانه وی تحت ظلم بودند. بنابراین آنها مشمول مجازات نمی‌شوند. علی نامه‌ای برای معاویه نوشت و آن را به دست جریر پسر عبدالله بجلّی، فرماندار پیشین همدان که از سوی عثمان برگزیده شده بود داد تا به دست معاویه برساند و از او بیعت بگیرد ولی معاویه به بهانه‌های گوناگون جریر را در آن سرزمین نگه داشت و در این مدت دمشق را آمادهٔ نبرد با علی کرد.علی در این نامه اشاره می‌کند که:
مردمی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت کردند، هم بدان سان بیعت مرا پذیرفتند، پس کسی که حاضر است نتواند دیگری را خلیفه گیرد و آنکه غایب است نتواند کردهٔ دیگران را نپذیرد...
همچنین او در این نامه به معاویه هشدار می‌دهد که در صورت زیر پا گذاشتن خواستهٔ عموم مردم و بدعت گذاشتن، با او پیکار خواهد کرد میان علی و معاویه چندین نامه نوشته می‌شود و علی از حق قانونی خودش به عنوان حاکم دفاع می‌کند معاویه نامهٔ علی را با دیرکرد پاسخ می‌دهد و در این میان خود را آمادهٔ نبرد با او می‌کند سپس نامه‌ای به علی می‌فرستد و به او پیشنهاد می‌کند که من حکومت تو را به شرطی می‌پذیرم که در جایگاه خود باقی بمانم و فرمانداری مصر را هم در دست بگیرم، چون علی این درخواست او را نمی‌پذیرد، معاویه نامهٔ اعلام جنگ و درخواست قصاص قاتلان عثمان را به جریر می‌دهد تا به دست علی رساند.
معاویه به خودمختار بودن شام به رهبری خودش اصرار می‌ورزید ولی علی مدعی بود که تمامی استانهای حکومت اسلامی، باید به طور مساوی با مشکلات جامعه مسلمانان روبرو شوند. معاویه در پاسخ به بهانهٔ مشارکت نداشتن در انتخاب علی، حامیان شامی خود را بسیج کرده و از بیعت با علی سرباز زد.
علی با وجود سختی‌های بسیار که در داخل برایش پیش آمده بود توانست در ماه مه (ذی الحجه) سال ۶۵۷ میلادی (۳۶ هجری) سپاهی در عراق فراهم آورد و آن را روانهٔ صفین کند. چند زد و خورد میان دو سپاه صورت می‌گیرد تا آغاز ماه محرم که جنگ متوقف می‌شود، یک ماه میان دو سپاه گفتگو صورت می‌گیرد ولی هنگامی که کاملا روشن می‌شود که گفتگو بی نتیجه‌است در ژوئیهٔ (ماه صفر) سال ۶۵۷ جنگ دوباره از سر گرفته می‌شود. در مجموع این جنگ سه ماه طول می‌کشد که بیشتر آن به گفتگو میان دو سپاه سپری می‌شود. جنگ برای هر دو گروه بسیار آسیب داشت و نتیجهٔ آن نامشخص بود تا آنجا که پس از یک هفته کارزار سخت، هنگامی که به نظر رسید سحرگاه فردا علی پیروز خواهد شد در شب آخر به نام لیله الهریر (شب ناله)، عمرو عاص به معاویه پیشنهاد کرد که تا سربازانش قرآن‌ها را بر سر نیزه بلند کنند تا در سپاه علی اختلاف و چند دستگی به وجود آید. معاویه که از اختلاف نظرها در سپاه علی آگاه بود از این وضعیت بهره‌برداری کرد و این پیشنهاد را پذیرفت. سپاهیان او قرآن به سرنیزه‌ها آویختند و درخواست کردند تا جنگ ادامه پیدا نکند و در مقابل کار به داوری بر اساس قرآن گذاشته شود. بیشتر سپاهیان علی با دیدن قرآن‌های آویخته شده، دست از جنگ کشیدند. علی به علت اصرار سربازانش، به ناچار به حکمیت تن داد.
دانشنامهٔ ایرانیکا در این باره می‌نویسد که کاملا روشن بود که درخواست صلح، نه برای علی که برای اهل عراق که بیشتر سپاه علی را تشکیل می‌دادند، بود تا از این رهگذر، با دستاویز قرار دادن تعصب مردم در اعتقادات مذهبی، علی را از هوادارانش جدا کند. فریب جنگی این کار برای علی روشن بود، اما شمار اندکی از سربازان او می‌خواستند جنگ را ادامه دهند. اشعث بن قیس که قدرتمندترین رهبر قبیله‌ای کوفه بود، اصرار به قبول دعوت معاویه داشت. بر پایهٔ روایت‌ها، وی به علی گفت که اگر پیشنهاد صلح را نپذیری، یک نفر هم از قبیلهٔ من برای تو نخواهد جنگید. سرباز زدن تودهٔ سپاه علی از ادامه جنگ، عامل تعیین کننده‌ای در پذیرش حکمیت از سوی او بود. بیشتر قاریان هم می‌خواستند صلح کنند. علی جنگ را متوقف کرد و اشعث را فرستاد تا از هدف معاویه آگاه شود. معاویه پیشنهاد کرد که هر دو طرف، داوری را برگزینند تا با هم به تصمیمی بر پایهٔ قرآن برسند و این تصمیم برای هر دو بی درنگ اجرا شود.
درحالی که در میان سربازان علی، بسیاری پذیرفتند که نتیجهٔ جنگ به داوری (حکمیت) کشیده شود برخی به این موضوع اعتراض کردند. این گروه بر این باور پابرجا بودند که علی با پذیرش داوری انسان ها در میان خودشان درحالی که داوری از آن خدا است حق خود در فرمانروایی را از دست داده‌است. برخی تاریخ شناسان مانند مادلانگ[۱۳۰] چنین می‌اندیشند که معاویه با این کار در تلاش بود تا با توجه به ناکامی علی در جمع کردن دوباره سپاه، برای خود زمان بخرد. درنتیجهٔ این حرکت معاویه، سربازان علی در برابر او برآمدند و علی مجبور بود تا با سربازان خودش هم پیکار کند. او ناچار بود که هنگامی که در برابر بزرگترین تهدید حکومت قرار داشت با رفتارهای دیوانه کنندهٔ سربازان خودش ستیز کند. علاوه بر همهٔ اینها آن نشست داوری که قرار بود میان دو سپاه صورت گیرد از آغاز به نظر نمی‌رسید که به سود علی تمام شود چرا که به اصرار مردم کوفه، ابوموسی اشعری از سوی سپاه علی به عنوان نماینده برگزیده شده بود، کسی که خود در گذشته با علی مخالفت کرده بود و از سوی معاویه، عمرو عاص را برگزیده بود. برخی معتقدند که این، ترفندی حساب شده از سوی معاویه بود.
توقف جنگ و بروز اختلاف در سپاه علی
دانشنامه ایرانیکا معتقد است که در این زمان به نظر می‌رسد که معاویه هیچ گونه تلاشی برای مسائلی که قبلا بر روی آن پافشاری می‌کرد، انجام نمی‌داد. مسائلی از قیبل خون خواهی از عثمان و بازگشت به شورا. اکثر سربازان علی در حال حاضر راضی بودند و حال به دنبال تعیین داور از سپاه علی بودند که باید با عمروعاص نماینده شامیان روبرو گردد. این مهم که داور، نماینده علی باشد یا نماینده عراقی‌ها که عمدتا کوفی بودند، شکاف بیشتری در سپاه علی به وجود آورد. اشعث بن قیس و قاریان، ابن‌عباس و مالک اشتر را که انتخاب علی بودند، رد کرده و بر روی ابوموسی اشعری که مخالف علی بود و به خاطر اینکه پیشتر، مردم کوفه را از یاری علی باز می‌داشت اصرار داشتند. قاریان طرفدار ابوموسی بودند چرا که وی از خودمختاری استانها طرفداری کرده بود. در این هنگام، اشعث بن قیس آرزو داشت که بلاتکلیفی بین علی و معاویه طولانی شود تا بتواند از قدرت علی جلوگیری کرده و نفوذ گذشته خود را دوباره بدست آورد. علی سرانجام به انتخاب ابوموسی رضایت داد.
طرح توافق تنها پس از قبول علی در زدودن عنوان امیر المومنین از نامش و خوانده شدن به نام واقعی اش، پیش رفت. معاویه اعتراض کرد که اگر علی به واقع خلیفه بود، معاویه هرگز با وی نمی‌جنگید. بندهای اصلی تواقف نامه به شرح زیر بودند:
- قرآن در مورد طرفین تصمیم خواهد گرفت.
- وظیفه داوران است که به یک توافق لازم الاجرا برسند.
- داوران باید از قرآن راهنمایی بگیرند و نمی‌توانند از راهنمایی‌های سنت عادل و جامع و مفارقه استفاده کنند.
پیدایش گروه خوارج
در خلال شکل گیری توافق، ائتلاف علی شروع به از هم پاشیدگی نمود. مساله توسل به سنت، باید مهمترین دلیل واکنش قاریان بوده باشد. آنها با توافق مواقفت کردند، چرا که آن دعوت به صلح و به کار بردن قرآن بود. در آن زمان بندهای توافق نامه هنوز تعیین نشده بود و در آن موردی که علی دیگر امیرالمومنین تلقی نخواهد شد، وجود نداشت. از آن جدی تر، گسترش اختیارات داوران از قرآن به سنتی که ابهام آمیز است، اعتبار قرآن را به خطر می‌انداخت. بنابراین معادل تحکیم الرجال فی الدین به حساب می‌آمد. از این رو، آنان شعار لا حکم الا الله را برافراشتند. در این زمان، شامیان ادعا کردند که این تواقفق نامه، تاییدی است بر اینکه قرآن در موردن عادلانه بودن یا نبودن کشته شدن عثمان، حکم کند. ولی قاریان شکی نداشتند که او عادلانه کشته شده‌است. دانشنامه ایرانیکا بر این باور است که پیش کشیدن مساله قتل عثمان توسط معاویه در این مقطع حساس، باید به طفره رفتن قبلی وی از این موضوع مرتبط باشد. کل ماجرا یک تلاش سازمان یافته برای تخریب ائتلاف علی به نظر می‌رسد. قاریان به علی گفتند که اگر همانند آنان به خاطر پذیرش حکمیت، توبه نکند، آنان از وی اعلان برائت خواهند نمود. در هنگام بازگشت لشکر علی به کوفه، بعضی از قاریان در حرورا توقف نمودند.
تجمع خوارج در حرورا
علی که گرفتار نافرمانی خوارج شده بود، ابتدا پسر عمویش عبدالله بن عباس را به عنوان نماینده خود به حرورا برای مذاکره فرستادو سپس خودش شخصا برای بحث به آنجا رفت. استدلالهایی که حروریان در بحث با علی به کار می گرفتند در طبری یا دیگر منابع سنی و یا کتبی که به نفع علی جهت دار هستند ذکر نشده، حال آنکه استدلال ابن‌عباس و علی ذکر شده است. استدلالشان به طور خلاصه این بوده است: «وقتی ما خون عثمان را ریختیم، بر حق بودیم. چون او بدعت در دین آورده بود. به همین ترتیب وقتی خون طلحه و زبیر و هوادارانشان را ریختیم نیز بر حق بودیم. چون آنها شورشی بودند. همچنین وقتی که خون یاران معاویه و عمروعاص را ریختیم نیز بر حق بودیم، چون آنان از حدود کتاب خدا و سنت پیامبر تجاوز کرده بودند. حال مگر حکم جدیدی از آسمان برای علی نازل شده است که رویکردش را عوض کند؟ نه. پس وی باید بر همان مسیری که در ابتدا بود ثابت قدم بماند و جنگ را ادامه داده و حکمیت را رد کند.» ابن‌عباس آیات ۳۹-۳۵ سوره نساء و آیات ۳-۱ سوره مائده را که در مورد تعیین حکم در مواقع خاص بود را به آنان یادآوری نمود که بی فایده بود. حروریان در پاسخ گفتند: «هر حکمی که از طرف خدا تعیین شده است نباید به داوری و حکمیت سپرده شود. خدا احکامی را قرار داده که باید در مورد گروه ستمکار و متجاوز (فئه الباغیه) اجرا شود. چرا که او در آیه ۹ سوره حجرات می فرماید: اگر دو گروه مومنان با یکدیگر وارد جنگ شوند، بین آن دو صلح برقرار کن. اگر گروهی از آن دو بر شورش خود اصرار داشت، با آن گروه شورشگر بجنگ تا در برابر حکم خدا سر تعظیم فرود آورد. آیا معاویه و عمرو و هوادارانشان جزو فئه الباغیه نبودند؟» حروریان در ادامه استدلالهای خود به آیه ۴۰-۳۹ سوره انفال اشاره کردند: « با آنها پیکار کن، تا وقتی که فتنه ای وجود ندارد و دین از آن خداوند است. آیا معاویه و یارانش از خدا تبعیت می کردند؟ پاسخ طبعا منفی است. پس خدا حکم خود را در این مورد اعلام نموده و باید اجرا شود. این یکی از حدود الهی است و باید مانند دیگر حدود مانند حد زناکار یا دزد اجرا شود. انسان در موردی که خدا حکمش را داده حق داوری ندارد (لا حکم الا لله)». حروریان در استدلالهای خود به آیات دیگر قرآن و دلایل دیگری نیز متوسل شدند که موارد بالایی خلاصه شده محکمترین دلایلی است که ردشان ناممکن می نماید. لارا وسیا وگلییری می نویسد ابن‌عباس در برابر صحت استدلالشان تسلیم شد (حتی منابع سنی و منابع طرفدار علی اذعان دارند که ابن‌عباس نتوانست از پس آنان در بحث بر بیاید) همچنان که علی نیز نتوانست. علی از آنان خواست که دست از مخالفت بردارند و در این کار موفق شد. اما اینکه چگونه موفق به این کار شد مشخص نیست. استدلالهایی که علی پیش روی این گروه سرسخت قرار داد (که در منابع مختلف با یکدیگر فرق دارد) به نظر نمی رسد که توانسته باشد بر استدلالهای آنان فائق آمده باشد. در کتاب النهروان اثر فزاری آمده که علی قول داد که جنگ با معاویه را ادامه دهد و ضمانت محکمی بر این قول قرار داد. در برخی منابع آمده که علی گفت: « ما مالیات جمع آوری می کنیم. اسبهای خود را قبراق و سرحال می کنیم و سپس به سوی معاویه دوباره لشکر کشی می کنیم.» لارا وسیا وگلییری معتقد است این جمله نشان می دهد که علی به حروریان امتیاز داد. طاها حسین معتقد است که در این زمان یک سوء تفاهم بین علی و خوارج پیش آمده است. اما پس از اینکه علی به کوفه بازگشت به طور صریح اعلام کرد که به شرایط منعقد شده در عهدنامه صفین وفادار خواهد ماند. حروریان که راضی شده بودند با وی به کوفه بیاییند، با شنیدن این سخن خشمگین شدند. در نتیجه این سخن علی، خوارج با یکدیگر ملاقاتهای پنهانی ترتیب داده و دیگر در مورد اینکه در منطقه ای بمانند که به عقیده آنان احکام ناعادلانه به جای احکامی که خدا تکلیفش را روشن کرده اجرا می شود، دچار تردید شدند. گروهی که به این باور رسیده بودند، پنهانی گریختند و از هم فکران خود در بصره دعوت به عمل آوردند و در نهروان جمع شدند.
فرد دونر معتقد است بعضی از خوارج ممکن است علت مخالفتشان با علی این بوده‌باشد که می‌ترسیدند علی با معاویه سازش کرده و در پی آن، آنان برای حساب پس دادن در مورد شورش خود علیه عثمان فراخوانده‌شوند.
حکمیت اول
اولین دیدار داوران، به نظر می‌رسد که طبق توافق قبلی در رمضان ۳۷ هجری مصادف با فوریه ۶۵۸ میلادی، در دومةالجندل برگزار شد. نتیجه این دیدار این شد که اعمالی که عثمان به آنها متهم شده بود، مستبدانه نبود. دال بر اینکه عثمان ناعادلانه کشته شده و معاویه حق خون خواهی از وی را دارد. این حکم هنوز عمومی نشده بود، اما دو سپاه به آنجا آمدند تا از نتیجه اش مطلع گردند. علی به این نتیجه اعتراض کرد و آن را خلاف قرآن و سنت دانسته و بنابراین آن را لازم الاجرا ندانست. سپس او سعی کرد سپاه تازه‌ای را سامان دهد. اما فقط انصار از باقی ماندگان قاریان به رهبری مالک اشتر و تعداد کمی از مردان قبایلشان، به علی وفادار ماندند. علی با سپاه جدیدش کوفه را به منظور براندازی معاویه ترک کرد. اما در ابتدا به نهروان رفت تا با مخالفان تعامل کند. او ابتدا سعی کرد که با اعلام کردن اینکه قصد جنگ با معاویه را دارد، حمایتشان را جلب کند. اما آنان پافشاری کردند که علی اول اقرار به گناه خود در پذیرش حکمیت کرده و سپس قول دهد آنانی را که باید تحویل معاویه شوند پناه دهد. علی به آنان حمله کرد و کشتار منتجه از سوی بسیاری از افراد، تقبیح شد و فرار کردن سربازان از سپاه علی، وی را مجبور کرد تا به کوفه باز گردد و نتواند به سمت معاویه لشکر کشی کند.
حکمیت دوم
در حال حاضر، علی و معاویه هیچکدام دیگر خلیفه به حساب نمی‌آمدند و حاکمانی شورشی تلقی می‌گردیدند. اما به عنوان دو رقیب برای خلافت به حساب می‌آمدند. به نظر می‌آید که داوران و دیگر افراد نامدار، به استثنای نمایندگان علی، در شعبان ۳۸ هجری مصادف با ژانویه ۶۵۹ میلادی، در اذرح با یکدیگر ملاقات کردند تا در مورد انتخاب خلیفه جدید به بحث بپردازند. عمروعاص از معاویه حمایت می‌کرد. در حالیکه ابوموسی اشعری، دامادش عبدالله بن عمر را ترجیح می‌داد. اما عبدالله به خاطر فقدان اجماعی بر روی خلیفه شدنش، این پیشنهاد را رد نمود. پس از آن، ابوموسی اشعری به عمروعاص پیشنهاد کرد که هر دو علی و معاویه از خلافت عزل شده و کار تعیین خلیفه به شورا موکل شود و عمروعاص پیشنهادش را پذیرفت. ابوموسی در ملا عام مورد توافقش با عمرو عاص را اعلام کرد ولی عمروعاص بیان داشت که علی را عزل و خلافت معاویه را تایید کرد.
شورشها
شورش ایرانیان در زمان خلافت علی
در دوران خلافت علی جنگهای داخلی بین مسلمانان و شورش ایرانیان به راه افتاد. شورش ایرانیان در آخرین سال خلافت علی اتفاق افتاد که توسط سپاهیان ارسالی خلیفه سرکوب شد. مثلا شورشیان در شرق ایران، مالیات خود را به قبایل کوفی و بصری پرداخت نکردند.
در حالی که در سالهای ۴۱-۳۵ هجری/۶۱-۶۵۶ میلادی، مسلمانان مشغول جنگهای داخلی بودند، اکثر مناطق ایران از کنترل امپراطوری عرب خارج شد. حتی بازماندگان سلسله ساسانی تلاشهایی برای بازیابی حکومتشان در شهرهای طخارستان و نیشابور انجام دادند. مسلمانان با تکیه بر خراج و مالیات موفق شدند دوباره کنترل مناطق آشوب زده را در دست گرفته و شورشها بر علیه والیان و افراد تحت حمایت آنان را بخوابانند. هپتالیان شهرهای بادغیس، هرات و فسانج همانند اهالی نیشابور از دادن مالیات به حاکمان عرب سر باز زدند. مردم شهر زرنگ هم مقر حکومتی حاکم خود را سرنگون کردند. از طرفی دیگر بدویان عرب نیز به شهرهای سیستان حمله برده و آنجا را تصرف کردند. در سال ۳۶ هجری/۷-۶۵۶ میلادی، فرمانهای علی به اشخاص برجسته محلی مبنی بر دادن خراج به ماهویه مرزبان مرو باعث بروز شورشهایی در شرق خراسان بر علیه حکومت علی گردید و تا مرگ علی ادامه داشت.
بعد از جنگ صفین، هنگامی که علی مشغول شورشهای خوارج در عراق و فارس بود، مردمان مناطق جبال، فارس و کرمان در سال ۳۹ هجری/۶۵۹ میلادی از دادن مالیات سرباز زده و شروع به شورش کردند که روز به روز شدت می یافت و مردم این مناطق مامورین جمع آوری مالیات را از شهرهای خود بیرون راندند.
شورش خریت بن راشد
پس از جنگ صفین خریت به همراه ۳۰ یا ۳۰۰ تن (عدد مورد اختلاف است) به نزد علی رفته و اعلام کرد که قصد جدا شدن از وی را دارد. علی به خریت بیعتش را متذکر شد و او را از این کار بازداشت. اما خریت به همراه ۳۰۰ نفر به دین مسیحیت گروید و همان شب از علی جدا گردید و علیه علی شورش نمود. علی در پاسخ، زیاد بن خَصَفه را برای تعقیب و سرکوبش فرستاد. خریت و یارانش در ادامه مسیرشان به روستای نِفَّر در اطراف کوفه رفته و والی آنجا به نام زادان بن فرح را کشند.
زیاد بین واسط و بصره در جایی به نام مذّار با خریت وارد جنگ گردید و موفق شد وی را شکست دهد. دویست تن که به تازگی از کوفه به سپاه خریت ملحق شده بودند و به همراه خریت به اهواز گریختند.
خطر خریت برای علی به مرور جدی تر گردید. گروهی از بنی ناجیه شورش کردند و علی برای سرکوب خریت این بار مَعْقِل بن قیس ریاحی را فرستاد که توانست خریت را شکست دهد. اما خریت به نزد قبیله عبدالقیس گریخت و در آنجا پناه گرفت و آنها را بر علیه علی شوراند. معقل موفق شد با امان دادن به سپاه خریت، گروه زیادی از آنان را به نزد خود بکشاند. خریت سرانجام توسط نعمان بن صهبان در همان جنگ کشته شد.
وقایع بعد از کشته شدن خریت
بعد از کشته شدن خریت، معقل بن قیس، افراد سپاه خریت را به اسیری گرفت. گروهی از افراد، مسلمان بودند که با قید ضمانت آزاد شده و به مسیحیان سپاه خریت، اسلام را عرضه کرد تا مسلمان شوند که تمامی آنها به غیر از یک نفر پذیرفتند و آزاد شدند، به غیر از آن فرد که گردن زده شد. اما مسیحیان بنی ناجیه (قبیله خریت که از ابتدا در شورش با وی بودند) که ۵۰۰ تن بودند و حاضر نشدند مسلمان شوند، آزاد نشدند. مصقله بن هبیره والی اردشیر خره فارس آنها را دید و مسیحیان به وی التماس کردند که آنها را بخرد و آزاد کند. مصقله که احساس ترحم نسبت به اسیران کرده بود به معقل پیغام فرستاد که حاضر است اسیران را از وی بخرد. معقل بر طبق طبری به ۲۰۰ هزار و بنا به روایت مسعودی به ۳۰۰ هزار درهم آنان را به مصقله فروخت و به مصقله گفت که پول را به نزد خلیفه (علی) بفرستد. مصقله تنها بخشی از پول را فرستاد و بدون اینکه از اسیران بخواهد که در تامین بقیه پول برای آزاد شدن با وی همکاری بکنند، آنان را آزاد کرد. علی از وی بقیه پول را مطالبه کرد و مصقله با توجه به سر سختی علی و در طرف دیگر رویکرد بخشش گر معاویه در این امور، به سمت معاویه پناهنده شد و بعدها عهده دار مسئولیتهای مختلفی از سوی وی شد.
سال آخر خلافت
پس از قضیه حکمیت، هر چند علی حکم برکناری را نپذیرفت و خود را کماکان خلیفه مسلمانان می‌نامید اما هر روز از وفاداران به او کاسته می‌شد. در زمانی که علی مشغول رفع شورش خوارج بود معاویه کنترل مصر را در دست گرفت. دانشنامه ایرانیکا می‌نویسد وی در اواخر سال ۳۹ هجری مصادف با ۶۶۰ میلادی، سپاهیان علی را در مصر شکست داد و عمروعاص را حاکم آنجا نمود. در همین زمان، علی کنترل حجاز را نیز از دست داد. در سال ۴۰ هجری علی حتی کنترلی بر شهرهای مکه و مدینه نداشت. علی عملا به شهر کوفه محدود شده بود و در موضعی تدافعی بود تا آنجایی اقدامی در برابر لشکرکشی‌های معاویه به قلب عراق، یمن و عربستان نکرد. افکار عمومی عرب به سمت جانشینی معاویه تمایل داشت. چرا که وی توسط نیروهای منظمی پشتیبانی می‌شد و می‌توانست قدرت را در میان نخبگان عرب حفظ و امپراطوری عرب را کنترل کند.
در سال آخر خلافت علی، مردم کوفه و بصره پس از حملات لشکریان معاویه به شهرهای عراق، ماهیت واقعی معاویه را شناختند و دوباره با علی بر ضد معاویه متحد شدند. با این حال نگرش مردم نسبت به علی در این مقطع زمانی، به شدت متفاوت بود. فقط اقلیت کوچکی از آنها معتقد بودند که علی بهترین شخص پس از محمد برای خلافت است. در حالی که اکثریت مردم او را به علت دشمنی با معاویه مورد حمایت قرار دادند.
تیره شدن روابط علی با ابن‌عباس
روابط بین ابن‌عباس و علی ناگهان رو به تیرگی نهاد که ابن‌عباس به تبع آن بصره را ترک گفته و به مکه رفت و امارت آنجا را پس داد. سال وقوع این واقعه در منابع به سالهای ۳۸، ۳۹ یا ۴۰ هجری گزارش داده شده که دانشنامه اسلام به دلیل که بعد از سال ۳۸، ابن‌عباس را فاقد فعالیت سیاسی مهمی می داند، این سال را به عنوان سال وقوع حادثه می پذیرد. دانشنامه اسلام روایاتی که در آنها ابن‌عباس تا زمان کشته شدن علی به حکومتش وفادار مانده را رد می کند. دلیل این عمل ابن‌عباس در برخی منابع به این صورت آمده که ابن‌عباس به خاطر مواخذه ای که علی از وی به اتهام اختلاس مالیات بصره ترتیب داده بود رنجیده شد و اختلاس را رد کرد و بیان داشت که تنها وظیفه دولتی اش را انجام داده است.
دانشنامه اسلام بر این باور است که این عمل ترک منصب از سوی ابن‌عباس که همزمان با روی گردانیدن بسیاری از طرفداران علی از وی بود، باید دلیلهای موجه تری داشته باشد. دلایلی مانند کشتار خوارج در نهروان که بر طبق روایات معتبر، ابن‌عباس این کار را نادرست شمرده بود و اعتقاد وی مبنی بر«موضع گیریهای نادرست علی» و اصرارش بر ماندن به عنوان خلیفه، با اینکه در قضیه حکمیت رای بر این نهاده شده بود که علی دیگر خلیفه نیست.
دانشنامه اسلام می نویسد پس از این دوران عملی از سوی ابن‌عباس روایت شده که ممکن است قضاوت بسیار بدی از وی را به دنبال داشته باشد و جزئیات این واقعه هنوز معلوم نیست. او مدتی پس از رفتنش به مکه دوباره به بصره بازگشت و اموال مالیاتی بصره را با خود برد. این غصب کردن اموال از سوی وی جای بحث و بررسی دارد. دانشنامه اسلام بر این باور است که می توان برای این عمل توجیهی منطقی آورد و دیدگاه کسانی که این عمل را کم‌کننده از شان ابن‌عباس در بین امت نمی بینند را منطقی می داند.
کشته‌شدن
تعدادی از خوارج تصمیم به قتل علی، معاویه و عمروعاص به صورت همزمان گرفتند تا به عقیده خود اسلام را از دست این سه تن که مسئول جنگهای داخلی بودند، خلاص کنند که تنها موفق شدند علی را بکشند و معاویه و عمروعاص جان سالم به در بردند.
در منابع روز ضربت خوردن علی ۱۷، ۱۹ و ۲۱ رمضان گزارش شده است. اما شیخ مفید روز ۱۹ را صحیح تر می داند و ابن ابی الحدید نیز می نویسد چون این سه تن کارشان را عبادت می دانستند بنابراین آن را در شب قدر ۱۹ رمضان قرار دادند تا ثواب بیشتری برده باشند. روز مرگ علی هم در منابع از ۱۱ تا ۲۱ رمضان گزارش شده و مدت تحمل ضربت را دو یا سه روز دانسته اند.
علی در هنگامی که مشغول خواندن نماز صبح در مسجد کوفه بود و به روایتی دیگر در کنار در مسجد توسط عبدالرحمن بن ملجم و با یک شمشیر مسموم از ناحیه سر ضربت خورد. عبدالرحمن این عمل را به قصد انتقام گیری از وی در قبال کشتگان نهروان، انجام داد. دو روز بعد در ۱۹ یا ۲۱ رمضان سال ۴۰ هجری مصادف با ۲۷ ژانویه ۶۶۱ میلادی، علی در سن ۶۲ یا ۶۳ سالگی درگذشت.
اطلاع علی از سرنوشت خود
علی از مدتها قبل می دانست که کشته می شود، حال یا محمد به وی گفته بود یا خودش این مطلب را حس کرده بود. روایات زیادی وجود دارد که در آن محمد یا علی خبر می دهند که ریش علی از خون فرق سرش رنگین می شود. روایات دیگری وجود دارد که در آن محمد می گوید بدترین مردم در دوران باستان کسی بود که شتر صالح را پی کرد و بدترین افراد در امت معاصر من کسی است که علی را می کشد، اما عموما به کار بردن لفظ بدترین مردم را به علی نسبت می دهند و گاهی این دو روایت با هم یکجا روایت می شود. شب واقعه، علی اعلام کرد که امشب شب سرنوشت اوست و هنگامی در سحر منزلش را ترک می کرد، غازها سر و صدا کردند و وی گفت این ها به خاطر وی در حال عزاداری هستند. عمدتا در منابع شیعی به این مطلب اشاره شده که علی با وجود اینکه می دانست کشته می شود، کس دیگری را به جای خود به نماز نگذاشت و با وجود اینکه دیگران به وی در مورد احتمال کشته شدنش هشدار دادند، با خواندن اشعاری گفت که از مرگ نمی ترسد.
علی حتی پیش بینی کرد که ابن ملجم قاتل او خواهد بود و هنگامی که ابن ملجم می خواست با وی به عنوان خلیفه بیعت کند، دو یا سه بار ابن ملجم را بدترین مخلوق خدا خواند. روایتی بیان می کند که علی و محمد حنفیه که به حمام رفته بودند با دیدن ابن ملجم که به حمام وارد شد، ترسیدند. علی از ابن ملجم به خاطر اینکه تصور می کرد برای کشتنش آمده با خواندن شعری گله کرد، اما ابن ملجم گفت که برای دادن هدیه ای به وی به آنجا آمده و همین کار را نیز کرد. بنابراین رابطه بین علی و ابن ملجم رابطه ای تنش بر انگیز است. ولی با این وجود، هیچ گونه اقدامی بر علیه ابن ملجم انجام نمی داد. ابن سعد روایت می کند که علی گفت چگونه کسی را بکشم که هنوز من را نکشته است؟ حتی موقعی که یک نفر از قبیله مراد یا کسی که از زبان ابن ملجم نقشه قتل را شنیده بود، در مورد نقشه قتلش به علی خبر داد، علی پاسخ داد که هر انسانی دو فرشته نگهبان بر دو شانه اش دارد که مرگش زودتر از موعد مقرر شده فرا نمی رسد.
چگونگی قتل
در کوفه، عبدالرحمن پیش مردان قبیله اش کنده رفت. اما نیتش را بر ملا نکرد، چرا که می ترسید در همه جا فاش شود. روزی گروهی از قبیله تیم الرباب را دید که برای ۱۰ تن از کشتگانشان در نهروان عزاداری می کردند و در میان آنان زنی زیبا رو به نام قطامه بنت شجنه را دید و دلباخته اش شد و از وی خواستگاری کرد. قطام پذیرفت به شرطی که مهریه اش ۳۰۰۰ درهم، یک کنیز و یک غلام و کشتن علی باشد. وی در جنگ نهروان پدر و برادرش را از دست داده بود و در فکر انتقام گیری از علی بود. او نه تنها به عبدالرحمن در انجام این امر پافشاری کرد، بلکه خود نیز کمکش کرد و فردی به نام وردان از قبیله اش را به کمک وی فرستاد. عبدالرحمن نیز از فردی به نام شبیب بن بجره از قبیله بنی اشجع درخواست یاری نمود. شب قبل از واقعه، قطام با این سه تن در مسجد اعظم کوفه دیدار کرد و سینه هایشان را با حریر بست. (در منابع، شرح بیشتری بر این کار عجیب ارائه نشده است.). این سه تن که شمشیرهایشان را در زهر خوابانیده بودند، کنار در مسجد منتظر ماندند تا علی به منظور اقامه نماز صبح به مسجد وارد گردد. به محض پدیدار شدن علی، شبیب به وی حمله برد و شمشیرش را زد که به بازوی در خورد که فرار کرد و در میان جمعیت گم شد. وردان نیز فرار کرد اما وقتی به خانه رسید، پسرعمویش وی را دید که حریر از سینه باز می کرد و به وی ظنین شد و وردان را کشت. تنها ابن ملجم باقی ماند که در حالی که فریاد می کشید حکمیت خاص خداست نه تو و یارانت، ضربتی به فرق سر علی زد و می خواست فرار کند که ابوادما همدانی وی را به زمین افکند. علی به خانه اش بازگشت و ابن ملجم را پیش وی آوردند و او به علی گفت که ۴۰ روز شمشیرش را تیز می کرد و از خدا می خواست که با آن بدترین مخلوق خدا را بکشد. علی در پاسخ گفت خود ابن ملجم با همین شمشیر کشته خواهد شد و وی را بدترین مخلوق خدا نامید.
نحوه مجازات ابن ملجم
علی در اجرای شرع اسلامی سخت گیر بود و در مورد قصاص قاتلش نیز منابع تقریبا حاکی از آن هستند که وی گفت که دقیقا یک ضربت به ابن ملجم وارد شود. اما برخی منابع این گونه بیان نشده اند. برخی منابع می نویسند که علی فرمان داد صبر شود تا اثر ضربت بر وی معلوم شود، اگر زنده ماند خود در مورد وی تصمیم می گیرد. شیخ مفید روایت می کند که علی گفت، این قاتل همانند قاتل محمد پیامبر اسلام است و باید کشته و جسدش سوزانده شود. برخی روایات حاکی از آنند که علی به حسن و هاشمیان توصیه کرد که به بهانه خون خواهی از وی، خون مسلمانان را نریزند و قاتلش باید دقیقا به همان صورتی که علی کشته شد کشته شود.روایتی از مبرد حاکی از آن است که علی وی را به کل بخشید. روایت دیگر می گویند علی فرمان داد که به ابن ملجم غذا و محل استراحت مناسب داده شود و اگر علی بمیرد، ابن ملجم را به وی ملحق کنند تا در آن دنیا خدا بین وی و علی قضاوت کند. روایات در مورد چگونگی کشته شدن ابن ملجم عمدتا به دو روایت تقسیم می شود. یکی اینکه ابن ملجم به حسن پیشنهاد داد که وی را آزاد کند تا اگر رفیقش برک نتوانسته معاویه را بکشد، خود او این کار را انجام دهد و بعد از انجام کار نزد حسن برگردد تا وی در مورد ابن ملجم تصمیم بگیرد اما حسن نپذیرفت و او را کشت و جسد ابن ملجم سوزانده شد. روایتی نیز حاکی از آن است که حسین و محمد حنفیه و عبدالله بن جعفر از حسن خواستند که بگذارد آنها نیز انتقامشان را از وی بگیرند. عبدالله بن جعفر اعضای بدن ابن ملجم را برید و شکنجه اش داد. ابن ملجم اینها را تحمل کرد و وقتی که خواستند زبانش را ببرند، اعتراض کرد که در این صورت نمی تواند ذکر خدا را بگوید. البته صحت این روایت از نظر ابن کثیر مورد تردید است، زیرا خلاف وصیت علی انجام شده است.
آرامگاه
بدن بی جان علی توسط پسرانش شسته شد و در نزدیکی کوفه دفن شد، اما مزارش از ترس نبش قبر و بی حرمتی به آن پنهان نگه داشته شد. تا آنکه در زمان هارون الرشید، در فاصلهٔ چند مایلی از کوفه محل مزارش مشخص شد و آرامگاهی در آنجا ساخته شد پس از آن این منطقه تبدیل به شهر نجف شد.
همسران و فرزندان
علی ۹ زن و چندین کنیز داشت و دارای ۱۴ پسر و ۱۹ دختر بود که از میان آنان حسن، حسین و محمد حنفیه مشهورترند. بر طبق منابع شیعی تعداد کل فرزندان علی ۲۷ یا ۲۸ بود. مادر محمد حنفیه، کنیزی آزادشده به نام خوله دختر جعفر حنفیه است.از میان فرزندان علی، ۵ نفر جزو وارثین وی شدند.
نهج‌البلاغه
تعداد زیادی از سخنان کوتاه علی، تبدیل به بخش‌هایی از فرهنگ عمومی اسلامی شده و به عنوان ضرب‌المثل و کلمات قصار در زندگی روزمره نقل می‌شوند. این سخنان، همچنین اساس آثار ادبی گردیده و به صورت اشعار در زبانهای گوناگون وارد شده‌اند. در قرن ۸ میلادی، نویسندگان ادبی همچون عبدالحمید یحیی امیری، به فصاحت بی نظیر خطبه‌ها و سخنان علی اشاره کرده‌اند. جاحظ، ادیب عرب در قرن نهم میلادی (سوم هجری) نیز بر همین عقیده‌است. در قرن ۱۰ میلادی، یکی از محققان برجسته شیعی به نام سید شریف رضی، تعداد زیادی از خطبه‌ها، نامه‌ها و سخنان کوتاه علی با موضوعات گوناگون را در کتابی به نام نهج‌البلاغه جمع آوری کرد که این کتاب مبدل به یکی از پرطرفدارترین و تاثیر گذارترین کتب جهان اسلام گردیده‌است. با این حال، این کتاب تقریبا به طور کامل تا قرن ۲۰ میلادی در تحقیقات غربی نادیده گرفته شد. با وجود اینکه برخی محققین غربی در صحت آن تردید دارند، اما صحت این کتاب هیچگاه در نزد اکثر مسلمانان جای سوال نداشته‌است. این کتاب کماکان به عنوان یک منبع مذهبی و یک مرجع الهام بخش ادبی در میان شیعه و سنی مطرح است.در میان گفته‌های منسوب به علی، نامه او در مورد حکومت صالحانه به مالک اشتر مورد توجه زیادی قرار گرفته‌است. سید حسین مدرسی طباطبایی به کتاب "مدارک نهج البلاغه (نوشته رضا استادی)" اشاره می‌کند که در آن اسنادی ارائه شده که سخنان موجود در نهج البلاغه را به علی می‌رساند.
فعالیت اقتصادی
بنوشته سید محمدحسین طباطبایی روحانی شیعه٬ علی، آنچه را که به دست می‌آورد برای کمک به فقرا و نیازمندان خرج می‌نمود و خودش در دشوارترین و ساده‌ترین شیوه زندگی می‌کرد. علی به کشاورزی علاقه فراوانی داشت و وقت زیادی را صرف کندن چاه ها، کاشتن درختان و آماده‌سازی زمینها می‌نمود. ولی همه زمین هایی که او مهیا می‌نمود و چاه هایی که ساخته بود را به عنوان وقف به فقرا می‌داد. این صدقات علی [چاه‌ها و زمین‌های کشاورزی] در اواخر عمر او، در آمدی بالغ بر بیست و چهار هزار دینار طلا داشت.محمود طالقانی از اراضی ینبع، وادی القراء، اذینه و قصیره نام می‌برد که علی به هنگام مرگ، آنها را وقف کرده‌است.
ویژگیهای ظاهری و اخلاقی علی
علی مردی بود با سر طاس و بدنی چاق و تنومند، پاهای کوتاه و کتفی فراخ داشت. چشم‌هایش دچار التهاب و بیماری بود. بدنی پر موی داشت و ریشی بلند و سفید داشت که تا نزدیک سینه‌اش می‌رسید. لارا وسیا وگلییری در دانشنامه اسلام می‌نویسد که علی روحیات اخلاقی خشن و گوشه‌گیری داشت. علی به خاطر دانش عمیقش از قرآن مشهور بود و بهترین قاریان قرآن به حساب می‌آمد.
شخصیت علی
تبیین شخصیت علی کاری دشوار است، زیرا مورخان نمی توانند راهمایی لازم را در کردارها و گفتارهای او و یا از اطلاعاتی که منابع تاریخی درباره وی فراهم کرده اند، بیابند. مقاصد وی توسط رخدادها و یا فشار هوادارانش متوقف و یا دگرگون شد. شیوه بیان مطالب در گفتارهای وی مبهم و کنایه آلود است و تشخیص گفتارهای اصیل یا ساختگی منسوب به وی ساده نیست. از آنجایی که علی درگیر نزاع و جنگهایی شد که تا قرنها ادامه داشت، منابع به نفع یا ضد او جهت دار هستند یا اکثر اوقات در مورد وی سکوت کرده‌اند. وگلییری اظهار نظر منفی لامنز در کتاب فاطمه و معاویه در مورد علی را رد می‌کند. کائتانی رویکرد معتدلتری نسبت به لامنز دارد و با وجود اینکه معتقد است علی در دوران خلافتش عملکرد ضعیفی داشت، اما این امر را به خاطر فشاری که به خاطر حوادث آن زمان بر روی علی وجود داشت می داند. وگلییری می‌نویسد نه لامنز و نه کائتانی به سخت گیری مذهبی علی و بازتاب آن در سیاستهایش اشاره‌ای نکرده‌اند. روایات فراوانی در مورد سخت گیری علی بر روی فرایض مذهبی و تقسیم غنایم و پاداشها و بی اعتنایی اش به دنیا آمده و دلیلی وجود ندارد که تمامی این روایات را ساختگی یا اغراق پنداشت، چرا که این روح مذهبی بر تمامی اعمال علی حکمفرما بود. وگلییری می‌نویسد صرفنظر از اینکه بخواهیم تعیین کنیم وقف بودن زندگی علی به اسلام آیا همیشه عاری از انگیزه‌های درونی دیگری بوده یا نه، برای درک فلسفه اعتقادی علی نمی‌توان مساله اخلاصش در اسلام را نادیده پنداشت. او در دوران حکومتش مشغول جنگیدن با مسلمانان «گمراه» بود و این عمل را تکلیفی الهی می‌پنداشت تا دین را بر پا دارد و حق را پیروز گرداند. بعد از پیروزی در جنگ جمل، علی سعی کرد تا با عدم به اسارت گرفتن زنان و فرزندان لشکریان دشمن، از محنت آنان بکاهد که این موضوع باعث بروز مخالفتهایی در سپاه علی شد. وقتی این جنگ به پایان رسید، علی بر کشتگان غم خواری و گریه کرد و حتی بر جنازه دشمنانش نماز خواند. حتی رویکرد مبهم علی نسبت به خوارج را می‌توان به دلیل ترسش از احتمال نافرمانی از خداوند دانست. گرچه خوارج وی را متقاعد کردند که پذیرش حکمیت گناه بود، اما علی می‌دانست که شکستن پیمان حکمیت نیز گناه دیگری است و در این دو راهی مشکل و دردناک وی وفادار ماندن به پیمان حکمیت را انتخاب کرد. تبعیت از فرمان الهی، نکته کلیدی درک رفتار علی بود، اما رفتار علی همیشه آمیخته با خشونتی زیاد بود و این مهم باعث می‌شد که مخالفانش وی را محدود یا کوته فکر بخوانند. وگلییری معتقد است علی آن چنان مقید به احکام اسلامی بود که نمی‌توانست خود را با ضرورتهای موقعیت فعلی جامعه اسلامی که بسیار پیچیده تر از زمان محمد شده بود، وقف دهد. چیزی که از بارزترین ویژگیهای حکومتی رقیبش معاویه بود. خط مشی حکومتی علی، بیشتر از آنکه نامناسب و ناقاطع باشد، ایده آل گرا بود و احتمالا خود علی هنگامی که قدرت را به دست گرفت متوجه این نکته شده بود که پیاده‌سازی چنین حکومتی کاری غیر ممکن است و این مساله به همراه مسائل خارجی دیگر را می‌توان به یاس و ناامیدی علی در سالهای پایانی حکومتش مربوط دانست. کائتانی معتقد است که مقام بالای اغراق گونه‌ای که علی پیدا کرد، به خاطر این نبود که وی پسر عموی محمد بود، بلکه به خاطر تاثیری بود که بر روی معاصرانش گذاشت. کائتانی در مورد این که در مورد کدام ویژگیهای علی صحبت می‌کند توضیحی نمی‌دهد. وگلییری می‌نویسد می‌توان منظور کائتانی را خط مشی مذهبی عمیق علی و برنامهٔ اصلاحات اقتصادی و سیاسی علی که بر پایه مذهبی استوار بود، دانست.
علی در قرون بعد
در احادیث
نبیل حسین می نویسد سنی های حامی علی بر این باورند که نوعی علی ستیزی را در روایات تاریخی و احادیث اسلام می توان مشاهده کرد و همسو بودن سنی ها با سلسله ی بنی امیه باعث این شده که محدثان اولیه با گرایش شیعی فاقد اعتبار دانسته شده و از طرف دیگر روایان حدیث با گرایش ضد علی معتبر دانسته شوند.
ایگناز گلدزیهر ضمن اینکه با مقایسه دو نسخه از سخنان محمد که در جنگ خیبر پس از دادن پرچم به علی درباره ی وی به زبان آورده، اذعان می دارد که به نفع علی در روایات، اضافاتی وجود دارد، اما از طرف دیگر برای اثبات دیدگاه خود در مورد وجود علی ستیزی در روایات، دو نسخه متفاوت از حدیث «مومن در حالی که نور ایمان در قلبش است، زنا نمی کند و مومن در حالی که نور ایمان در قلبش است، دزدی نمی کند» را بررسی کرده ، نتیجه می گیرد که در برخی کتب، به حدیث مزبور جمله ی «مومن غلو نمی کند» اضافه شده تا شیعیان «کافر» قلمداد شده و این جملات اضافی در لوای حدیث موجه و معتبر اصلی، به مرور زمان در اذهان مسلمانان جا بیفتد.
مایکل کوپرسن در کتاب تاریخ نگاری سنتی عربی می نویسد عباسیان پس از آنکه پایه های قدرت خود را مستحکم کردند شروع به ساخت حدیثهای ساختگی هم برای بنی امیه و هم برای علویان کردند و ضمن اینکه در روایات خود خلافت بنی امیه را خلافت فرزندان دشمنان محمد دانستند، در مورد خلافت فرزندان علی نیز در روایات خود این ایده را جا می انداختند که خلافت بیشتر از آنکه متعلق به فرزندان دختر محمد باشد متعلق به فرزندان عموی محمد است و مدعی بودند که فرزندان علی خلافت را از شجره خود به شجره عباس انتقال داده اند.
پل کوب می نویسد در شام، احادیثی که درباره ی تقوای علی بودند، تا زمان اسماعیل بن عیاش حمصی (درگذشته به سال ۱۸۱ یا ۱۸۲ هجری)، ناشناخته بودند و حتی تا قرن سوم هجری هر کسی که مخفیانه در بحث های مربوط به «فضائل علی» در مسجد امویان شرکت می جست، به احتمال زیاد مورد هجمه قرار می گرفت.
توصیف‌ها از علی بن ابی‌طالب
جبران خلیل جبران نویسنده و شاعر مسیحی درباره او می‌نویسد: «.. عرب حقیقت مقام و قدر و منزلت علی را نشناخت. اما از میان همسایگان ایرانی‌نژاد عرب، مردانی برخاستند، که گوهر و سنگریزه را به خوبی از یکدیگر باز شناختند.» و توماس کارلایل، فیلسوف انگلیسی درباره او گفته‌است: «.. شهادت او، بر اثر شدت دادگری‌اش بود...»
http://fa.wikipedia.orgمنبع موضوع:دانشنامه ویکی پدیا
یا صاحب الزمان (عج)